コートマータンパク質（COP）サブユニットのコートマータンパク質（COP）サブユニットのゲノムワイド分析とその進化関係

背景：タンパク質分泌は、多くの細胞内寄生虫を含むApicomplexaに属する生物を含むすべての真核生物において不可欠なプロセスです。Apicomplexan寄生虫は、宿主細胞の浸潤を促進するために多数のタンパク質を放出する分泌オルガネラの特殊なコレクションを所有しており、これらのタンパク質のいくつかは免疫回避にも関与しています。他の真核生物と同様に、これらの寄生虫には一連の膜結合コンパートメント、すなわち小胞体（ER）、中間コンパートメント（IC）または小胞管状クラスター（VT）、およびゴルジ複合体が連続した形状とベクターの形で渡されるゴルジ複合体を持っています。2セットのタンパク質。COPIとCOPIIは、ERとゴルジ複合体の間の材料の連続的な伝達を指示するために重要です。 結果：ここでは、インシリコアプローチを使用して、アピコンペクサン生物のゲノムにおけるCOPIおよびCOPII複合体の成分を特定します。結果は、COPIおよびCOPIIタンパク質複合体がほとんどの例外を除いて、ほとんどのアピコンプレキサンゲノムで保存されていることを示しました。ApicomplexanのCOPIおよびCOPII複合体のコンポーネント間の多様性は、サブユニットがないため、またはタンパク質ドメインの数の違いによるものです。たとえば、Copi EpsilonサブユニットとCopii Sec13サブユニットは、Babesia Bovis、Theileria Parva、およびTheileria Annulata Genomesには存在しません。COPIおよびCOPII複合体のすべてのタンパク質の系統発生およびドメイン分析を実行して、それらの進化的関係と機能的意義を予測しました。 結論：したがって、この研究は、宿主細胞の侵入に必要な寄生虫分泌ネットワークにとって重要なApicomplexan CopiおよびCopiiコーティング機械に関する洞察を提供します。

BACKGROUND: Protein secretion is an essential process in all eukaryotes including organisms belonging to the phylum Apicomplexa, which includes many intracellular parasites. The apicomplexan parasites possess a specialized collection of secretory organelles that release a number of proteins to facilitate the invasion of host cells and some of these proteins also participate in immune evasion. Like in other eukaryotes, these parasites possess a series of membrane-bound compartments, namely the endoplasmic reticulum (ER), the intermediate compartments (IC) or vesicular tubular clusters (VTS) and Golgi complex through which proteins pass in a sequential and vectorial fashion. Two sets of proteins; COPI and COPII are important for directing the sequential transfer of material between the ER and Golgi complex. RESULTS: Here, using in silico approaches, we identify the components of COPI and COPII complexes in the genome of apicomplexan organisms. The results showed that the COPI and COPII protein complexes are conserved in most apicomplexan genomes with few exceptions. Diversity among the components of COPI and COPII complexes in apicomplexan is either due to the absence of a subunit or due to the difference in the number of protein domains. For example, the COPI epsilon subunit and COPII sec13 subunit is absent in Babesia bovis, Theileria parva, and Theileria annulata genomes. Phylogenetic and domain analyses for all the proteins of COPI and COPII complexes was performed to predict their evolutionary relationship and functional significance. CONCLUSIONS: The study thus provides insights into the apicomplexan COPI and COPII coating machinery, which is crucial for parasites secretory network needed for the invasion of host cells.