サイトゾルN末端タンパク質処理の配列決定因子

N末端メチオニン除去は、一般的な配列決定要因を明らかにするために、原核生物および真核生物の細胞質タンパク質の大規模なサンプルで統計的に分析されています。出会ったイニシエーターの隣の残留物は、N末端処理の最も重要な決定要因であることがわかります。Lys、arg、leu、および（原核生物で）pheおよびileは、シーケンスの隣に出会ったイニシエーターが除去されるのを防ぎます。Ala、Gly、Pro、Ser、Thr、および（真核生物で）この位置のValは、その除去を引き起こします。その後のアセチル化は、ALA、METおよびSER残基に強く偏っていることが確認されています。METがアセチル化されている場合、ASPは真核生物の主要な最後から2番目の残基です。また、原核生物と真核生物の間に出会ったイニシエーターの隣のさまざまな残基の相対的存在量の大きな違いが見つかります。原核生物タンパク質は、メット保護の残留物としてLysに偏りがあり、METが除去される場合はALAに向かっています。真核生物。最後に、私たちの結果が真核生物のイニシエーターAUGコドンの周りにあるmRNA「コンセンサスシーケンス」の一部を説明できることを示します。

N-terminal methionine removal has been analyzed statistically in a large sample of prokaryotic and eukaryotic cytosolic proteins in an attempt to uncover common sequence determinants. We find that the residue next to the initiator Met is the most important determinant of N-terminal processing: Lys, Arg, Leu and (in prokaryotes) Phe and Ile protect the initiator Met from being removed when next to it in the sequence; Ala, Gly, Pro, Ser, Thr and (in eukaryotes) Val in this position cause its removal. Subsequent acetylation is confirmed to be strongly biased towards Ala, Met and Ser residues; when Met is acetylated, Asp is the predominant penultimate residue in eukaryotes. Also, we find major differences in the relative abundance of the various residues next to the initiator Met between prokaryotes and eukaryotes: prokaryotic proteins are much more biased towards Lys as the Met-protecting residue, and towards Ala when met is to be removed, than eukaryotic ones. Finally, we show that our results can explain a part of the mRNA 'consensus sequence' found around eukaryotic initiator AUG codons.