COI-5Pバーコードシーケンスに基づいたシングルトン分子種の描写は、中国のカティド（オルソプテラ：Tettigoniidae）の高い不可解/記載されていない多様性を明らかにしました

背景：DNAバーコードは、種の識別に役立つツールとして開発されています。バーコードインデックス番号（BIN）、洗練された単一リンケージ（RESL）、自動バーコードギャップディスカバリー（ABGD）などのいくつかのシーケンスベースの種削除法、Javaプログラムは、明示的で決定的なアルゴリズムを使用して分子運用分類学ユニット（JMOTU）を定義します。、一般化された混合Yule合体（GMYC）、およびポアソンツリープロセスモデル（BPTP）のベイジアン実装が使用されました。私たちの目的は、標準のDNAバーコードシトクロムCオキシダーゼサブユニットI（COI-5P）シーケンスを使用して、中国のカティディッド生物多様性を推定することでした。 結果：類似性ベースの分析とクラスタリングベースの分析によるバーコードギャップの検出により、131の特定された形態学的種（形態種）が196ビンに割り当てられ、4つのカテゴリに分割されたことが示されました。、形態圏は、形態圏とビン（61の一致ビンと22のシングルトンビンを含む）の完全な一致でした。（ii）マージ（14/131 = 10.69％）、モルフォスペシはそのユニークなビンを他の種と共有しました。（iii）分割（33/131 = 25.19％、22種類のシングルトン種が除外された場合、33/109 = 30.28％に上昇した）、形態種は複数のビンに配置されました。（iv）混合（4/131 = 5.34％）、モルフォスパイは、マージとスプリットの両方を含むより複雑なパーティションを示しました。隣接結合（NJ）分析により、ほぼすべてのビンとほとんどの形態種が、ほとんど変動で単系統クラスターを形成したことが示されました。分子運用分類ユニット（MOTU）は、7種の境界線の少なくとも4つが見つかったより包括的なクレードのみを考慮して定義されました。私たちの結果は、複数の標本、213のうち159（74.65％）の一致ビン、および8（37.5％）の3つの不一致のビンで表される109のうち61（55.96％）の形態種を堅牢にサポートしました。 結論：分子種の境界分析では、形態種と比較してより多くのMOTUが生成されました。これらのMotuスプリットが真実であることが証明されている場合、中国のKatydidにはおそらく、一見大きな割合の謎めいた/記述されていない分類群が含まれています。特に核DNAからの追加の分子マーカーの将来の増幅は、ここで問題のある分類群として特定された標本に特に役立つ可能性があります。

BACKGROUND: DNA barcoding has been developed as a useful tool for species discrimination. Several sequence-based species delimitation methods, such as Barcode Index Number (BIN), REfined Single Linkage (RESL), Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD), a Java program uses an explicit, determinate algorithm to define Molecular Operational Taxonomic Unit (jMOTU), Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC), and Bayesian implementation of the Poisson Tree Processes model (bPTP), were used. Our aim was to estimate Chinese katydid biodiversity using standard DNA barcode cytochrome c oxidase subunit I (COI-5P) sequences. RESULTS: Detection of a barcoding gap by similarity-based analyses and clustering-base analyses indicated that 131 identified morphological species (morphospecies) were assigned to 196 BINs and were divided into four categories: (i) MATCH (83/131 = 64.89%), morphospecies were a perfect match between morphospecies and BINs (including 61 concordant BINs and 22 singleton BINs); (ii) MERGE (14/131 = 10.69%), morphospecies shared its unique BIN with other species; (iii) SPLIT (33/131 = 25.19%, when 22 singleton species were excluded, it rose to 33/109 = 30.28%), morphospecies were placed in more than one BIN; (iv) MIXTURE (4/131 = 5.34%), morphospecies showed a more complex partition involving both a merge and a split. Neighbor-joining (NJ) analyses showed that nearly all BINs and most morphospecies formed monophyletic cluster with little variation. The molecular operational taxonomic units (MOTUs) were defined considering only the more inclusive clades found by at least four of seven species delimitation methods. Our results robustly supported 61 of 109 (55.96%) morphospecies represented by more than one specimen, 159 of 213 (74.65%) concordant BINs, and 3 of 8 (37.5%) discordant BINs. CONCLUSIONS: Molecular species delimitation analyses generated a larger number of MOTUs compared with morphospecies. If these MOTU splits are proven to be true, Chinese katydids probably contain a seemingly large proportion of cryptic/undescribed taxa. Future amplification of additional molecular markers, particularly from the nuclear DNA, may be especially useful for specimens that were identified here as problematic taxa.