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日本で採取された葉の土壌から、株CCA6株である、新しい脂肪栄養細菌が分離されました。ひずみの細胞は、グラム陰性の、非浸透性、運動性、棒状の細菌であることがわかった。CCA6株は10-45°C(最適20°C)およびpH 4.5-10.0(最適pH 5.0)で成長しました。このひずみは、栄養素(オリゴトロフィック)培地の貧弱な成長が可能であり、成長は高栄養培地の影響を受けませんでした。主要な脂肪酸と主要なキノン系は、C16:0とユビキノン-8でした。16S rRNA遺伝子配列に基づく系統解析は、腸内菌科のメンバーとして提示された株CCA6を示しました。ATPD、GYRB、INFB、およびRPOB遺伝子配列のフラグメントに基づく多焦点配列分析(MLSA)を実行して、CCA6株をさらに特定しました。MLSAは、エンテロバクター型株に関してCCA6株の明確な分岐を示しました。株CCA6の完全なゲノムは、54.3%のG+C含有量を含む4,476,585 bpで構成され、4,372の予測コードシーケンスで構成されています。CCA6株と最も関連するエンテロバクター型株の間のゲノム平均ヌクレオチド同一性値は、88.02%未満でした。その表現型、走化性、系統発生の特徴に基づいて、CCA6株(= HUT 8142T = KCTC 62525T)は、提案された名前Enterobacter oligotrophicaを持つEnterobacter属内の新規種と見なすことができます。
日本で採取された葉の土壌から、株CCA6株である、新しい脂肪栄養細菌が分離されました。ひずみの細胞は、グラム陰性の、非浸透性、運動性、棒状の細菌であることがわかった。CCA6株は10-45°C(最適20°C)およびpH 4.5-10.0(最適pH 5.0)で成長しました。このひずみは、栄養素(オリゴトロフィック)培地の貧弱な成長が可能であり、成長は高栄養培地の影響を受けませんでした。主要な脂肪酸と主要なキノン系は、C16:0とユビキノン-8でした。16S rRNA遺伝子配列に基づく系統解析は、腸内菌科のメンバーとして提示された株CCA6を示しました。ATPD、GYRB、INFB、およびRPOB遺伝子配列のフラグメントに基づく多焦点配列分析(MLSA)を実行して、CCA6株をさらに特定しました。MLSAは、エンテロバクター型株に関してCCA6株の明確な分岐を示しました。株CCA6の完全なゲノムは、54.3%のG+C含有量を含む4,476,585 bpで構成され、4,372の予測コードシーケンスで構成されています。CCA6株と最も関連するエンテロバクター型株の間のゲノム平均ヌクレオチド同一性値は、88.02%未満でした。その表現型、走化性、系統発生の特徴に基づいて、CCA6株(= HUT 8142T = KCTC 62525T)は、提案された名前Enterobacter oligotrophicaを持つEnterobacter属内の新規種と見なすことができます。
A novel oligotrophic bacterium, designated strain CCA6, was isolated from leaf soil collected in Japan. Cells of the strain were found to be a Gram-negative, non-sporulating, motile, rod-shaped bacterium. Strain CCA6 grew at 10-45°C (optimum 20°C) and pH 4.5-10.0 (optimum pH 5.0). The strain was capable of growth in poor-nutrient (oligotrophic) medium, and growth was unaffected by high-nutrient medium. The major fatty acid and predominant quinone system were C16:0 and ubiquinone-8. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences indicated strain CCA6 presented as a member of the family Enterobacteriaceae. Multilocus sequence analysis (MLSA) based on fragments of the atpD, gyrB, infB, and rpoB gene sequences was performed to further identify strain CCA6. The MLSA showed clear branching of strain CCA6 with respect to Enterobacter type strains. The complete genome of strain CCA6 consisted of 4,476,585 bp with a G+C content of 54.3% and comprising 4,372 predicted coding sequences. The genome average nucleotide identity values between strain CCA6 and the closest related Enterobacter type strain were <88.02%. Based on its phenotypic, chemotaxonomic and phylogenetic features, strain CCA6 (=HUT 8142T =KCTC 62525T ) can be considered as a novel species within the genus Enterobacter with the proposed name Enterobacter oligotrophica.
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