高密度SNPアレイを使用して、Cohoサーモン（Oncorhynchus kisutch）繁殖集団における全ゲノム結合の不均衡と有効な人口サイズ

集団内の分子マーカー間の結合の不均衡の推定は、関連研究、ゲノム選択、およびさまざまな集団に影響を与える歴史的出来事の推測に必要なマーカーの最小数を確立する場合に重要です。この研究は、高密度SNPアレイを使用して、Cohoサーモン繁殖集団における結合の不均衡の範囲と減衰を評価することを目的としています。繁殖個体群の64人（33のダムと31種類）で見つかった合計93,502 SNPの間で、連鎖不均衡が推定されました。マーカーには、30個のCohoサーモン染色体すべてを含み、1,684.62 MBのゲノムが含まれます。染色体あたりのマーカーの平均密度は、1 MBあたり48.31から66の範囲でした。マイナーアレル周波数は平均0.26（0.22から0.27の範囲）でした。R 2として測定されたSNPSペア間の全体の平均結合の不均衡は0.10でした。平均R 2値は、物理距離が増加すると減少し、それぞれ1 kb未満の距離と10 MBまでの値が0.21から0.07の範囲です。約40 kbの距離でr 2しきい値が0.2に達しました。染色体OKIS05、OKIS15、およびOKIS28は、高レベルの連鎖不均衡を示しました（1 MB未満の距離で> 0.20> 0.20）。平均R 2値は、4 MBを超える距離でのすべての染色体で0.15未満でした。139世代前に、10世代前、325人の人口について、43の有効な人口規模が推定されました。染色体セグメントの有効数に基づいて、関連性マッピング研究とゲノム予測には少なくとも74,000のSNPが必要であることをお勧めします。したがって、使用されたSNPパネルにより、養殖コーホーサーモン集団の高解像度情報をキャプチャすることができました。さらに、現代のN Eに基づいて、有効な人口規模を拡大するために、新しい仲間配分戦略が提案されています。

The estimation of linkage disequilibrium between molecular markers within a population is critical when establishing the minimum number of markers required for association studies, genomic selection, and inferring historical events influencing different populations. This work aimed to evaluate the extent and decay of linkage disequilibrium in a coho salmon breeding population using a high-density SNP array. Linkage disequilibrium was estimated between a total of 93,502 SNPs found in 64 individuals (33 dams and 31 sires) from the breeding population. The markers encompass all 30 coho salmon chromosomes and comprise 1,684.62 Mb of the genome. The average density of markers per chromosome ranged from 48.31 to 66 per 1 Mb. The minor allele frequency averaged 0.26 (with a range from 0.22 to 0.27). The overall average linkage disequilibrium among SNPs pairs measured as r 2 was 0.10. The Average r 2 value decreased with increasing physical distance, with values ranging from 0.21 to 0.07 at a distance lower than 1 kb and up to 10 Mb, respectively. An r 2 threshold of 0.2 was reached at distance of approximately 40 Kb. Chromosomes Okis05, Okis15 and Okis28 showed high levels of linkage disequilibrium (>0.20 at distances lower than 1 Mb). Average r 2 values were lower than 0.15 for all chromosomes at distances greater than 4 Mb. An effective population size of 43 was estimated for the population 10 generations ago, and 325, for 139 generations ago. Based on the effective number of chromosome segments, we suggest that at least 74,000 SNPs would be necessary for an association mapping study and genomic predictions. Therefore, the SNP panel used allowed us to capture high-resolution information in the farmed coho salmon population. Furthermore, based on the contemporary N e, a new mate allocation strategy is suggested to increase the effective population size.