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次世代シーケンス（NGS）は、複数の遺伝子を分析し、治療を導くために臨床腫瘍学に実装されています。進行性肺がんの患者では、コンピューター断層撮影誘導針生検（CTNB）、気管支内鎖誘導性経胞動針筋肉吸引（EBUS-TBNA）および経脳生検（TBB）などの小さな生検（TBB）は侵襲性が低く、収縮を行うのに好ましいものではありません。病理学的診断。ただし、小さな肺腫瘍生検サンプルからのDNA/RNAおよびNGSの品質は不明です。2017年4月から2018年3月の間に、標的NGS分析のために胸部腫瘍または転移部位から107の連続したサンプルが得られました。CTNB、11からEBUS-TBNA、11からTBB、70を介して15のサンプルが取得されました。すべてのサンプルは、ホルマリン固定とパラフィン包埋されたものでした。DNAおよびRNAの品質は、それぞれ200ヌクレオチド（DV200）を超えるDDCQ法とRNAフラグメントの割合を使用して測定されました。私たちのカスタムメイドプローブは、464個の癌関連遺伝子と463個の遺伝子の転写産物のエクソン配列をキャプチャするように設計されました。3つの生検法からのDNAおよびRNA収量は類似しており、切除されたサンプルから得られた収率よりも少ない。DNAとRNAの品質は、すべての方法で類似していました。全体として、15のCTNBサンプルのうち12（80％）、11のEBUS-TBNAサンプルすべて、および11のTBBサンプルのうち9つ（82％）がDNAからのNGSアッセイの成功を受けました。RNAからのNGS分析は、12個のCTNBサンプルすべて、11個のEBUS-TBNAサンプルのうち9個（82％）、および11個のTBBサンプル（73％）で成功しました。CTNB、EBUS-TBNA、およびTBBは、主に適切なDNAとRNAの品質をもたらし、高品質の標的NGS分析を有効にしました。
次世代シーケンス（NGS）は、複数の遺伝子を分析し、治療を導くために臨床腫瘍学に実装されています。進行性肺がんの患者では、コンピューター断層撮影誘導針生検（CTNB）、気管支内鎖誘導性経胞動針筋肉吸引（EBUS-TBNA）および経脳生検（TBB）などの小さな生検（TBB）は侵襲性が低く、収縮を行うのに好ましいものではありません。病理学的診断。ただし、小さな肺腫瘍生検サンプルからのDNA/RNAおよびNGSの品質は不明です。2017年4月から2018年3月の間に、標的NGS分析のために胸部腫瘍または転移部位から107の連続したサンプルが得られました。CTNB、11からEBUS-TBNA、11からTBB、70を介して15のサンプルが取得されました。すべてのサンプルは、ホルマリン固定とパラフィン包埋されたものでした。DNAおよびRNAの品質は、それぞれ200ヌクレオチド（DV200）を超えるDDCQ法とRNAフラグメントの割合を使用して測定されました。私たちのカスタムメイドプローブは、464個の癌関連遺伝子と463個の遺伝子の転写産物のエクソン配列をキャプチャするように設計されました。3つの生検法からのDNAおよびRNA収量は類似しており、切除されたサンプルから得られた収率よりも少ない。DNAとRNAの品質は、すべての方法で類似していました。全体として、15のCTNBサンプルのうち12（80％）、11のEBUS-TBNAサンプルすべて、および11のTBBサンプルのうち9つ（82％）がDNAからのNGSアッセイの成功を受けました。RNAからのNGS分析は、12個のCTNBサンプルすべて、11個のEBUS-TBNAサンプルのうち9個（82％）、および11個のTBBサンプル（73％）で成功しました。CTNB、EBUS-TBNA、およびTBBは、主に適切なDNAとRNAの品質をもたらし、高品質の標的NGS分析を有効にしました。
Next-generation sequencing (NGS) has been implemented in clinical oncology to analyze multiple genes and to guide therapy. In patients with advanced lung cancer, small biopsies such as computed tomography-guided needle biopsy (CTNB), endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration (EBUS-TBNA) and transbronchial biopsy (TBB) are less invasive and are preferable to resection to make a pathological diagnosis. However, the quality of DNA/RNA and NGS from small lung tumor biopsy samples is unknown. Between April 2017 and March 2018, 107 consecutive samples were obtained from thoracic tumors or metastatic sites for targeted NGS analysis. Fifteen samples were obtained through CTNB, 11 through EBUS-TBNA, 11 through TBB and 70 through surgical resection. All samples were formalin-fixed and paraffin-embedded. DNA and RNA quality was measured using the ddCq method and the percentage of RNA fragments above 200 nucleotides (DV200), respectively. Our custommade probes were designed to capture exon sequences of 464 cancer-related genes and transcripts of 463 genes. DNA and RNA yield from the 3 biopsy methods were similar, and less than the yield obtained from resected samples. The quality of DNA and RNA was similar across all methods. Overall, 12 of 15 CTNB samples (80%), all 11 EBUS-TBNA samples, and 9 of 11 TBB samples (82%) underwent successful NGS assays from DNA. NGS analysis from RNA was successful in all 12 CTNB samples, 9 of 11 EBUS-TBNA samples (82%), and 8 of 11 TBB samples (73%). CTNB, EBUS-TBNA and TBB mostly resulted in adequate DNA and RNA quality and enabled high-quality targeted NGS analysis.
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