トウモロコシGo Annotation-Methods、評価、およびレビュー（トウモロコシ - ゲーマー）

遺伝子オントロジー（GO）用語の割り当てに基づいて、トウモロコシタンパク質コード遺伝子の新しい高カバレッジ、堅牢性、および再現性のある機能注釈を作成しました。既存のPhytozomeおよびGramene Maize Go Annotationセットは、それぞれトウモロコシのタンパク質コード遺伝子の41％と56％をカバーしていますが、この研究は遺伝子の100％の注釈を提供します。また、新たに導出された注釈の品質を、3つすべてを、直接アッセイまたは変異表現型から推測された1,619遺伝子の手動で注釈付きのゴールドスタンダードセットと比較することにより、既存のグラメンおよび植物ゾームの機能注釈セットを比較しました。ゴールドスタンダードに基づく評価は、私たちの新しい注釈セットがPhytozomeやGrameneのものよりも測定できるほど正確であることを示しています。この新しい高カバレッジ、高自信注釈セットを導き出すために、シーケンスの類似性とタンパク質ドメインの存在方法、および関数注釈（CAFA）チャレンジの批判的評価のために開発された混合メソッドパイプラインを使用しました。トウモロコシの注釈を改善するためのプロジェクトはトウモロコシ - ゲーマーと呼ばれます（GO Annotation Method、評価、およびレビュー）、新たに導出された注釈にはMaizeGDB（http://download.maizegdb.org/maize-gamer）とCyverse（B73）を介してアクセスできます。refgen_v3 5b+ at doi.org/10.7946/p2s62pおよびb73 refgen_v4 zm00001d.2 at doi.org/10.7946/p2m925）。

We created a new high-coverage, robust, and reproducible functional annotation of maize protein-coding genes based on Gene Ontology (GO) term assignments. Whereas the existing Phytozome and Gramene maize GO annotation sets only cover 41% and 56% of maize protein-coding genes, respectively, this study provides annotations for 100% of the genes. We also compared the quality of our newly derived annotations with the existing Gramene and Phytozome functional annotation sets by comparing all three to a manually annotated gold standard set of 1,619 genes where annotations were primarily inferred from direct assay or mutant phenotype. Evaluations based on the gold standard indicate that our new annotation set is measurably more accurate than those from Phytozome and Gramene. To derive this new high-coverage, high-confidence annotation set, we used sequence similarity and protein domain presence methods as well as mixed-method pipelines that were developed for the Critical Assessment of Function Annotation (CAFA) challenge. Our project to improve maize annotations is called maize-GAMER (GO Annotation Method, Evaluation, and Review), and the newly derived annotations are accessible via MaizeGDB (http://download.maizegdb.org/maize-GAMER) and CyVerse (B73 RefGen_v3 5b+ at doi.org/10.7946/P2S62P and B73 RefGen_v4 Zm00001d.2 at doi.org/10.7946/P2M925).