上海の肺炎の子供からの肺炎連鎖球菌の疫学特性：遡及的研究

背景：肺炎連鎖球菌は、5歳未満の子供の死を引き起こす最も一般的な病原体です。このレトロスペクティブサーベイランスは、中国の上海の小児からの肺炎分離株の血清型分布、薬剤耐性、毒性因子、および分子特性を分析することを目的としています。方法：2018年の1月から12月に合計287の臨床肺炎球菌分離株が収集され、誰かが感染症にかかっている場所に従って、コミュニティが吸収された肺炎（CAP）およびヘルスケア関連肺炎（HAP）に分割されました。すべての分離株は、マルチプレックスシーケンシャルPCRによって血清型化され、抗菌薬感受性試験はeテストまたはディスク拡散法を使用して実行されました。分子疫学は、多焦点シーケンスタイピングを使用して分析され、7つのハウスキーピング遺伝子をシーケンスタイプ（STS）を特定しました。さらに、PCRを介して毒性遺伝子の存在を調査しました。結果：最も一般的な血清型は19F、6A、19A、23F、14、および6Bであり、7、10、および13の肺炎球菌コンジュゲートワクチンのカバレッジ率はそれぞれ58.9、58.9、および80.5％でした。より多くのPCV13/非PCV7血清型とペニシリンのより高い速度は、HAPで見られました。分子疫学的タイピングでは、高レベルの多様性が示され、台湾19F-14、スペイン23F-1、スペイン6B-2、台湾23F-15、スウェーデン15A-25を含む5つの国際抗生物質耐性クローンが見つかりました。CAPおよびHAPから得られた分離株の間に、病原性遺伝子の存在下で有意差は観察されなかった。肺炎の分離株はすべて、lyta、ply、psaa、pava、spxb、htra、およびclppを搭載しており、nanaとpiaaの運送速度は96.2および99.0％でした。逆に、CPS2A、CBPA、およびPSPAは、分離株の33.8-44.3％に存在していました。結論：血清型の変化と新たな多剤耐性の国際クローンが現在の研究で見つかりました。Lyta、Ply、PSAA、PAVA、SPXB、HTRA、およびCLPPは、優れたタンパク質ワクチン候補である可能性があります。ワクチンによってもたらされる影響と有効性を評価し、予防戦略とワクチン政策の基盤を提供するために、長期的な高品質の監視を実施する必要があります。

Background:Streptococcus pneumoniae is the most common pathogen causing death in children under 5 years old. This retrospective surveillance aimed to analyze serotype distribution, drug resistance, virulence factors, and molecular characteristics of pneumonia isolates from children in Shanghai, China. Methods: A total of 287 clinical pneumococcal isolates were collected from January to December in 2018 and were divided into community-acquired pneumonia (CAP) and healthcare-associated pneumonia (HAP) two groups according to where someone contracts the infection. All isolates were serotyped by multiplex sequential PCR and antimicrobial susceptibility testing was performed using E-test or disk diffusion method. The molecular epidemiology was analyzed using multilocus sequence typing and seven housekeeping genes were sequenced to identified the sequence types (STs). In addition, we investigated the presence of virulence genes via PCR. Results: The most common serotypes were 19F, 6A, 19A, 23F, 14, and 6B, and the coverage rates of the 7-, 10- and 13-valent pneumococcal conjugate vaccines were 58.9, 58.9, and 80.5%, respectively. More PCV13/non-PCV7 serotypes and higher rate of penicillin non-susceptible S. pneumoniae were seen in HAP. Molecular epidemiological typing showed a high level of diversity and five international antibiotic-resistant clones were found, including Taiwan19F-14, Spain23F-1, Spain6B-2, Taiwan23F-15 and Sweden15A-25. No significant difference was observed in the presence of virulence genes among the isolates obtained from CAP and HAP. All of the S. pneumoniae isolates carried lytA, ply, psaA, pavA, spxB, htrA, and clpP, and the carriage rate of nanA and piaA were 96.2 and 99.0%. Conversely, cps2A, cbpA, and pspA were present in 33.8-44.3% of the isolates. Conclusions: Serotype changes and emerging multidrug-resistant international clones were found in current study. lytA, ply, psaA, pavA, spxB, htrA, and clpP may be good protein vaccine candidates. Long-term high-quality surveillance should be conducted to assess impact and effectiveness brought by vaccines, and provide a foundation for prevention strategies and vaccine policies.