バーレーン王国の集団サンプルのグローバルファイラーキットに含まれる21の常染色体STRの集団遺伝データ

バーレーンの人口は、主にアラブ人、バハルナ、ペルシャ人がバーレーンを民族的に多様にするように導いていることで構成されています。バーレーン集団内の民族起源と遺伝的構造の探求は、主に人口遺伝学と法医学の分野に基本的です。この研究の目的は、DNAベースの法医学的証拠の解釈と適切なデータベースの構築を支援するために、バーレーンの集団の遺伝的研究を調査および実施することでした。21の常染色体STR遺伝子座と3つの性別決定遺伝子座を含むグローバルファイラーPCR増幅キットでの24の短い繰り返しは、543バレーシアの非関連の健康な男性のコホートで異なる遺伝的および法医学集団パラメーターを特徴付けるために増幅されました。サンプルは2017年に収集されました。21個の常染色体STRのジェノタイピングは、Bonferroniの補正を適用した後、すべての遺伝子座がHardy-Weinberg平衡（HWE）であることを示しました。また、D3S1358-CSF1PO、CSF1PO-SE33、D19S433-D12S391、FGA-D2S1338、FGA-SE33、FGA-D7S820およびD7S820-SI33をプロットする場合を除き、バーレーン集団のペアワイズSTR遺伝子座間のLDからの有意な逸脱はありませんでした。SE33遺伝子座は、研究された集団で最も多型であり、THO1遺伝子座は多型ではありませんでした。TPOXの対立遺伝子8は、0.496の最高の対立遺伝子周波数を獲得しました。SE33遺伝子座は、バーレーン集団で最も高い識別力（PD）を示しましたが、TPOXは最低のPD値を示しました。21個の常染色体STRは、4.5633E-27に等しい合計マッチ確率（CMP）の値と、識別の統合力（CPD）を99.99999999％示しました。D12S391、SE33、およびD22S1045遺伝子座のさまざまなサンプルで、整形式外および三アレンのバリアントが観察されました。さらに、FSTに基づくペアワイズの遺伝的距離は、バーレーン集団と文献から抽出された他の集団との間で計算されました。遺伝的距離は、非メトリックMDSプロットで表され、その地理的位置による集団のクラスタリングが検出されました。系統樹は、バーレーン集団と隣接する集団との間の遺伝的関連性を調査するために構築されました。私たちの研究は、21の常染色体STRがバーレーン集団で非常に多型であり、父子師の検査や家族性DNA検索などの法医学および集団遺伝子分析の強力なツールとして使用できることを示しています。

Bahrain's population consists mainly of Arabs, Baharna and Persians leading Bahrain to become ethnically diverse. The exploration of the ethnic origin and genetic structure within the Bahraini population is fundamental mainly in the field of population genetics and forensic science. The purpose of the study was to investigate and conduct genetic studies in the population of Bahrain to assist in the interpretation of DNA-based forensic evidence and in the construction of appropriate databases. 24 short-tandem repeats in the GlobalFiler PCR Amplification kit including 21 autosomal STR loci and three gender determination loci were amplified to characterize different genetic and forensic population parameters in a cohort of 543 Bahraini unrelated healthy men. Samples were collected during the year 2017. The genotyping of the 21 autosomal STRs showed all of the loci were in Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) after applying Bonferroni's correction. We also found out no significant deviations from LD between pairwise STR loci in Bahraini population except when plotting for D3S1358-CSF1PO, CSF1PO-SE33, D19S433-D12S391, FGA-D2S1338, FGA-SE33, FGA-D7S820 and D7S820-SE33. The SE33 locus was the most polymorphic for the studied population and THO1 locus was the less polymorphic. The Allele 8 in TPOX scored the highest allele frequency of 0.496. The SE33 locus showed the highest power of discrimination (PD) in Bahraini population, whereas TPOX showed the lowest PD value. The 21 autosomal STRs showed a value of combined match probability (CMP) equal to 4.5633E-27, and a combined power of discrimination (CPD) of 99.99999999%. Off-ladders and tri-allelic variants were observed in various samples at D12S391, SE33 and D22S1045 loci. Additionally, pairwise genetic distances based on FST were calculated between Bahraini population and other populations extracted from the literature. Genetic distances were represented in a non-metric MDS plot and clustering of populations according to their geographic locations was detected. Phylogenetic tree was constructed to investigate the genetic relatedness between Bahraini population and the neighboring populations. Our study indicated that the twenty-one autosomal STRs are highly polymorphic in the Bahraini population and can be used as a powerful tool in forensics and population genetic analyses including paternity testing and familial DNA searching.