PRAS：Clip-seqピークに基づいてRNA結合タンパク質の機能的ターゲットの予測

RNAタンパク質相互作用は、転写後の調節において重要な役割を果たします。架橋および免疫沈降の最近の進歩とそれに続くシーケンス（CLIP-seq）技術により、トランスクリプトームスケールで特定のRNA結合タンパク質（RBP）の結合ピークを検出することが可能になります。ただし、RBP結合ピークの機能的結果を予測することは依然として困難です。この研究では、機能的mRNA標的予測のRBPの結合ピークの強度と位置を統合するタンパク質-RNA関連強度（PRA）を提案します。マウスの脳と筋肉における2つの関連するが異なるCELF（CUGBP、ELAV様因子）RBPの機能的ターゲットを予測する上で、既存のアプローチに対するPRAの優位性を説明します。また、2つのヒト細胞株における37 RNA減衰関連RBPの強化されたクリップセック（ECLIP）データセットにそれを適用することにより、幅広い採用のためのPRAの可能性を示します。PRAを利用して、利用可能なClip-seqピークを備えたRBPを調査できます。PRASはhttp://ouyanglab.jax.org/pras/で無料で入手できます。

RNA-protein interaction plays important roles in post-transcriptional regulation. Recent advancements in cross-linking and immunoprecipitation followed by sequencing (CLIP-seq) technologies make it possible to detect the binding peaks of a given RNA binding protein (RBP) at transcriptome scale. However, it is still challenging to predict the functional consequences of RBP binding peaks. In this study, we propose the Protein-RNA Association Strength (PRAS), which integrates the intensities and positions of the binding peaks of RBPs for functional mRNA targets prediction. We illustrate the superiority of PRAS over existing approaches on predicting the functional targets of two related but divergent CELF (CUGBP, ELAV-like factor) RBPs in mouse brain and muscle. We also demonstrate the potential of PRAS for wide adoption by applying it to the enhanced CLIP-seq (eCLIP) datasets of 37 RNA decay related RBPs in two human cell lines. PRAS can be utilized to investigate any RBPs with available CLIP-seq peaks. PRAS is freely available at http://ouyanglab.jax.org/pras/.