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バイオマーカーは、正常状態と病理学的状態を測定および評価するための生物学的特性です。発現ベースの分子バイオマーカーを定義するために、高品質の組織サンプルは標準RNAの調製の前提条件です。RIN数がRNAの品質を定義することはすでに知られていますが、A260/280比とCT値との関係は明確に定義されていません。したがって、関連性を理解することで、RNAの品質を記述するための信頼できる方法が提供されます。Actrec BiorepositoryとTMH-Inttrからの複数の凍結保存されたヒト腫瘍組織タイプを、RNA品質に対する貯蔵時間の影響について分析しました。腫瘍サンプルからのRNAを分離し、RIN、A260/280比、およびCT値によって分析して、相互関係を確立しました。約50％のサンプルには、6.9以上、A260/280≤2.04のRINがありました。27％はRIN≥5およびA260/280≤2.08を持ち、残りの23％はRIN <5およびA260/280> 2.08を示しました。ただし、RNAの品質は、組織サンプルの貯蔵期間とは関連していません。さらに、A260/280≤2.08を有するすべてのサンプルは、17-24の許容可能なCT値を示しました。データは、A260/280比がRNAの品質を予測できることを明確に示唆しています。私たちの知る限り、これは、多様な期間凍結されたさまざまな癌組織タイプからの不安定な核酸-RNAの品質を分析する最初のインドの報告です。結論として、RINおよびA260/280比は、RNAの品質を独立して予測するのに役立ちます。ただし、両方とも、さらに下流の処理に対してより良い保証を提供します。
バイオマーカーは、正常状態と病理学的状態を測定および評価するための生物学的特性です。発現ベースの分子バイオマーカーを定義するために、高品質の組織サンプルは標準RNAの調製の前提条件です。RIN数がRNAの品質を定義することはすでに知られていますが、A260/280比とCT値との関係は明確に定義されていません。したがって、関連性を理解することで、RNAの品質を記述するための信頼できる方法が提供されます。Actrec BiorepositoryとTMH-Inttrからの複数の凍結保存されたヒト腫瘍組織タイプを、RNA品質に対する貯蔵時間の影響について分析しました。腫瘍サンプルからのRNAを分離し、RIN、A260/280比、およびCT値によって分析して、相互関係を確立しました。約50％のサンプルには、6.9以上、A260/280≤2.04のRINがありました。27％はRIN≥5およびA260/280≤2.08を持ち、残りの23％はRIN <5およびA260/280> 2.08を示しました。ただし、RNAの品質は、組織サンプルの貯蔵期間とは関連していません。さらに、A260/280≤2.08を有するすべてのサンプルは、17-24の許容可能なCT値を示しました。データは、A260/280比がRNAの品質を予測できることを明確に示唆しています。私たちの知る限り、これは、多様な期間凍結されたさまざまな癌組織タイプからの不安定な核酸-RNAの品質を分析する最初のインドの報告です。結論として、RINおよびA260/280比は、RNAの品質を独立して予測するのに役立ちます。ただし、両方とも、さらに下流の処理に対してより良い保証を提供します。
Biomarkers are biological characteristic to measure and evaluate normal and pathological states. To define expression-based molecular biomarkers, high-quality tissue samples are a prerequisite for the preparation of standard RNA. It is already known that RIN number defines the RNA quality, however its relation with A260/280 ratio and Ct value is not defined clearly; therefore, understanding an association will provide a reliable method for describing RNA quality. Multiple cryopreserved human tumor tissue types from ACTREC Biorepository and TMH-INTTR were analyzed for the effect of storage time on RNA quality. The RNA from tumor samples were isolated and analyzed by RIN, A260/280 ratio, and Ct value to establish inter-relationships. Around 50% samples had a RIN of ≥ 6.9 and A260/280 ≤ 2.04; 27% had a RIN ≥ 5 and A260/280 ≤ 2.08, and remaining 23% displayed RIN < 5 and A260/280 > 2.08. However, the RNA quality has no association with the storage period of tissue samples. Moreover, all samples which had A260/280 ≤ 2.08 showed acceptable Ct values of 17-24. The data clearly suggests that the A260/280 ratio is able to predict RNA quality. To the best of our knowledge, this is the first Indian report analyzing the labile nucleic acid-RNA quality from different cancer tissue types cryopreserved for diverse time periods. In conclusion, RIN and A260/280 ratio can help in predicting the quality of RNA independently; however, both together provide better assurance for further downstream processing.
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