ヒト遺伝子変異データベースのバリアントを分類するためのACMG基準の適用

この研究の目的は、アメリカ医療遺伝学およびゲノミクス（ACMG）ガイドラインによると、遺伝的変異の機能分類における矛盾した証拠の発生の定量的評価を得ることを目的としています。ヒト遺伝子変異データベース（HGMD）の140,883の遺伝的変異を分析しました。ACMGガイドラインの公開前のHGMDデータセットの2014年のリリースは、ACMGガイドラインからの独立に使用されました。良性分類の証拠、BS2（0.37％）は、病原性として分類されたバリアント間で特定されました。可能性のある病原性変動のために、BP1（2.99％）とBS2（0.37％）が同定されました。PM1は、良性（28.45％）に分類されるバリアント間で一般的に観察され、PM2とPM1は一般に良性として分類されるバリアント（それぞれ48.91％と42.95％）で識別されます。総合すると、これらの観察は、ACMGガイドラインを適用するためのより良いアプローチを通知します。

This study aimed to obtain a quantitative assessment of the occurrence of contradictory evidence in functional classification of genetic variation, according to the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) guidelines. We analyzed 140,883 genetic variation in the Human Gene Mutation Database (HGMD). The 2014 release of the HGMD dataset before the publication of the ACMG guidelines was used for its independence from the ACMG guidelines. Evidence for benign classification, BS2 (0.37%), was identified among variants classified as pathogenic. For likely pathogenic variation, BP1 (2.99%) and BS2 (0.37%) were identified. PM1 is commonly observed among variants classified as benign (28.45%), while PM2 and PM1 are commonly identified among variants classified as likely benign (48.91% and 42.95%, respectively). Taken together, these observations will inform better approaches to apply the ACMG guidelines.