Staphylococcus Petrasii診断とモバイル遺伝的要素によって強化されるその病原性潜在

Staphylococcus petrasiiは最近、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌種と日和見的なヒト病原体であることが記載されており、臨床標本でまだ誤認されていることがよくあります。Polyphasicの分類分析により、S。petrasiiで4つの亜種が区別されていますが、単離物質の大部分ではまだ比較研究が行われておらず、そのゲノム特性はまだ徹底的に分析されていません。ここでは、65個の分離株の表現型および遺伝子型特性と、5つの株のドラフトゲノムのde novoシーケンス、全ゲノムアセンブリ、および注釈の結果について説明します。株は、種レベルまでのMALDI-TOF質量分析によって特定され、株の大部分はフィンガープリント法、（GTG）5反復PCRおよびリボタイピングにより亜種レベルに同定されました。パルスフィールドゲル電気泳動によるマクロストレクトプロファイリングは、適切なひずみタイピング法であることが確認されました。比較ゲノミクスは、ブドウ球菌カセット染色体（SCC）MEC、トランスポゾン、ファージ誘導性ゲノム島、プラスミドなどの抗菌抵抗性因子を運ぶ新しいモバイル遺伝子要素の存在を明らかにしました。コアグラーゼ陰性ブドウ球菌および黄色ブドウ球菌のモザイク構造と類似性は、これらの元素の可能性のある交換を示唆しています。アドヘシン、オートリシン、エキソ酵素、カプセル形成遺伝子、免疫調節因子、ファージ関連SASX遺伝子、SCC関連のスパルミジンN-アセチルトランスフェラーゼ遺伝子、シュードゥルジンおよびソルビトール環境違反のペトラ酸塩の臨床的マークレーションを説明する可能性のある多くの推定病原性因子。S. petrasii耐性を含むマルチラグ耐性から、S。petrasiisubsp。Jettensis株、および病原性因子他の病原性ブドウ球菌菌と相同は、ヒト疾患における種の重要性を示しています。

Staphylococcus petrasii is recently described coagulase negative staphylococcal species and an opportunistic human pathogen, still often misidentified in clinical specimens. Four subspecies are distinguished in S. petrasii by polyphasic taxonomical analyses, however a comparative study has still not been done on the majority of isolates and their genome properties have not yet been thoroughly analysed. Here, we describe the phenotypic and genotypic characteristics of 65 isolates and the results of de novo sequencing, whole genome assembly and annotation of draft genomes of five strains. The strains were identified by MALDI-TOF mass spectrometry to the species level and the majority of the strains were identified to the subspecies level by fingerprinting methods, (GTG)5 repetitive PCR and ribotyping. Macrorestriction profiling by pulsed-field gel electrophoresis was confirmed to be a suitable strain typing method. Comparative genomics revealed the presence of new mobile genetic elements carrying antimicrobial resistance factors such as staphylococcal cassette chromosome (SCC) mec, transposones, phage-inducible genomic islands, and plasmids. Their mosaic structure and similarity across coagulase-negative staphylococci and Staphylococcus aureus suggest the possible exchange of these elements. Numerous putative virulence factors such as adhesins, autolysins, exoenzymes, capsule formation genes, immunomodulators, the phage-associated sasX gene, and SCC-associated spermidine N-acetyltransferase gene, pseudouridine and sorbitol utilization operons might explain clinical manifestations of S. petrasii isolates. The increasing recovery of S. petrasii isolates from human clinical material, the multi-drug resistance including methicillin resistance of S. petrasii subsp. jettensis strains, and virulence factors homologous to other pathogenic staphylococci demonstrate the importance of the species in human disease.