Ilastik：（バイオ）画像分析のインタラクティブな機械学習

Ilastikを、実質的な計算の専門知識なしにエンドユーザーに機械学習ベース（バイオ）画像分析をもたらす使いやすいインタラクティブなツールです。画像セグメンテーション、オブジェクト分類、カウント、追跡のための事前に定義されたワークフローが含まれています。ユーザーは、非線形分類器にまばらなトレーニング注釈をインタラクティブに提供することにより、手元の問題にワークフローを適応させます。Ilastikは、最大5つの次元（3D、時間、チャネルの数）でデータを処理できます。その計算バックエンドは、可能な限り需要のある操作を実行し、RAMよりも大きいデータのインタラクティブな予測を可能にします。分類器がトレーニングされると、Ilastikワークフローは、ユーザーのやり取りなしにコマンドラインの新しいデータに適用できます。3つのケーススタディや予想されるパフォーマンスに関する議論など、すべてのIlastikワークフローについて詳しく説明します。

We present ilastik, an easy-to-use interactive tool that brings machine-learning-based (bio)image analysis to end users without substantial computational expertise. It contains pre-defined workflows for image segmentation, object classification, counting and tracking. Users adapt the workflows to the problem at hand by interactively providing sparse training annotations for a nonlinear classifier. ilastik can process data in up to five dimensions (3D, time and number of channels). Its computational back end runs operations on-demand wherever possible, allowing for interactive prediction on data larger than RAM. Once the classifiers are trained, ilastik workflows can be applied to new data from the command line without further user interaction. We describe all ilastik workflows in detail, including three case studies and a discussion on the expected performance.