プラスミドDNAの分離と視覚化：臨床サンプルからのプラスミドの分離と特性評価

プラスミドは、抗生物質耐性や細菌細胞間の他の遺伝子を運ぶ上で重要であり、臨床分離株のプラスミドを特徴付けるために多くの方法を使用できます。通常、病院のワークフローの一部として得られる単一のコロニーは、プラスミドを線形化するためにS1ヌクレアーゼ処理を受けた後、パルスフィールドゲル電気泳動が続き、存在するプラスミドの数とサイズの測定を可能にすることができます。S1/PFGEゲルのハイブリダイゼーションを使用して、抗生物質耐性を付与するレプリコンタイプと乗客遺伝子を特定のプラスミドバンドと関連付けることができます。結合または形質転換によって得られる個々のプラスミドは、特殊なキットの使用を含むアルカリ性溶解法によって調製されたプラスミドDNAの制限消化後のゲル電気泳動によって比較できます。

Plasmids are important in carrying antibiotic resistance and other genes between bacterial cells, and a number of methods can be employed to characterize plasmids from clinical isolates. Single colonies typically obtained as part of hospital workflow can undergo S1 nuclease treatment to linearize plasmids followed by pulsed-field gel electrophoresis to enable determination of the number and sizes of plasmids present. Hybridization of S1/PFGE gels can be used to associate replicon types and passenger genes, such as those conferring antibiotic resistance, with a particular plasmid band. Individual plasmids, obtained by conjugation or transformation, can be compared by gel electrophoresis following restriction digestion of plasmid DNA prepared by alkaline lysis methods, including using specialized kits.