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細胞外マトリックス（ECM）は、細胞偏光と機能、組織の組織と恒常性をサポートする架橋タンパク質の複雑で動的なメッシュワークです。過去数十年にわたって、大量領域ベースのプロテオミクスは、正常組織および病気の組織のECMの組成を特徴付ける選択方法として浮上してきました。ここでは、15種類の正常組織タイプ、6つの癌タイプ（乳がん、結腸直腸癌、メラノーマ、およびインスリノーマ）およびその他のECMに関する17の研究からのキュレーションプロテオームデータの検索可能なコレクションであるMatrisomedBの新しいリリースを紹介します。血管欠損や肺および肝臓のフィブロースを含む疾患。Matrisomedb（http://www.pepchem.org/matrisomedb）は、生の質量分析データファイルを取得し、同じ検索パラメーターと基準を使用してそれらを再処理して、異なる研究間のより直接的な比較を可能にすることにより構築されました。MatrisomedBの現在のリリースには、847のヒトおよび791のマウスECMプロテオフォームと、350 000以上のヒトおよび600 000のマウス由来ペプチドからスペクトルの一致が含まれます。クエリごとに、階層的にクラスター化された組織分布マップ、ペプチドカバレッジマップ、および特定された翻訳後修飾のリストが生成されます。MatrisomedBは、これまでのECMプロテオームデータの最も完全なコレクションであり、包括的なECMアトラスの構築を可能にします。
細胞外マトリックス（ECM）は、細胞偏光と機能、組織の組織と恒常性をサポートする架橋タンパク質の複雑で動的なメッシュワークです。過去数十年にわたって、大量領域ベースのプロテオミクスは、正常組織および病気の組織のECMの組成を特徴付ける選択方法として浮上してきました。ここでは、15種類の正常組織タイプ、6つの癌タイプ（乳がん、結腸直腸癌、メラノーマ、およびインスリノーマ）およびその他のECMに関する17の研究からのキュレーションプロテオームデータの検索可能なコレクションであるMatrisomedBの新しいリリースを紹介します。血管欠損や肺および肝臓のフィブロースを含む疾患。Matrisomedb（http://www.pepchem.org/matrisomedb）は、生の質量分析データファイルを取得し、同じ検索パラメーターと基準を使用してそれらを再処理して、異なる研究間のより直接的な比較を可能にすることにより構築されました。MatrisomedBの現在のリリースには、847のヒトおよび791のマウスECMプロテオフォームと、350 000以上のヒトおよび600 000のマウス由来ペプチドからスペクトルの一致が含まれます。クエリごとに、階層的にクラスター化された組織分布マップ、ペプチドカバレッジマップ、および特定された翻訳後修飾のリストが生成されます。MatrisomedBは、これまでのECMプロテオームデータの最も完全なコレクションであり、包括的なECMアトラスの構築を可能にします。
The extracellular matrix (ECM) is a complex and dynamic meshwork of cross-linked proteins that supports cell polarization and functions and tissue organization and homeostasis. Over the past few decades, mass-spectrometry-based proteomics has emerged as the method of choice to characterize the composition of the ECM of normal and diseased tissues. Here, we present a new release of MatrisomeDB, a searchable collection of curated proteomic data from 17 studies on the ECM of 15 different normal tissue types, six cancer types (different grades of breast cancers, colorectal cancer, melanoma, and insulinoma) and other diseases including vascular defects and lung and liver fibroses. MatrisomeDB (http://www.pepchem.org/matrisomedb) was built by retrieving raw mass spectrometry data files and reprocessing them using the same search parameters and criteria to allow for a more direct comparison between the different studies. The present release of MatrisomeDB includes 847 human and 791 mouse ECM proteoforms and over 350 000 human and 600 000 mouse ECM-derived peptide-to-spectrum matches. For each query, a hierarchically-clustered tissue distribution map, a peptide coverage map, and a list of post-translational modifications identified, are generated. MatrisomeDB is the most complete collection of ECM proteomic data to date and allows the building of a comprehensive ECM atlas.
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