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International journal of systematic and evolutionary microbiology2020Jan01Vol.70issue(1)

Aquabacterium pictum sp nov、クラスのベタプロテオバクテリアのアクアバクテリア属における最初の好気性バクテリオロロフィルA含有淡水菌

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

有酸素性株W35T株、結合ベタロテオバクテリウムを厳密に有酸素酸化剤A含有ベタプロテオバクテリウムは、日本のタマ川でサンプリングされたバイオフィルムから分離されました。非運動性および棒状の細胞は、有機化合物を含む寒天プレート上にピンクベージの色素性コロニーを形成し、バクテリオクロロフィルAの存在に典型的な近赤外領域で871 nmでin vivo吸収最大を示しました。新しい細菌株はグラム陰性であり、オキシダーゼおよびカタラーゼ陽性です。16S RRNA遺伝子配列に基づく系統解析により、W35T株はアクアバクテリウム属の種と密接に関連していることが示されました。W35T株の最も近い系統発生系は、Aquabacterium commune B8T(97.9%配列の類似性)、Aquabacterium citratiphilum B4T(97.2%)、およびAquabacterium limnoticum ABP-4T(97.0%)でした。主要な細胞脂肪酸は、C16:1Ω7C(50.4%)、C16:0(22.7%)、合計機能8(C18:1Ω7C/C18:1Ω6C; 9.7%)、C18:3Ω6C(5.5%)、C12:0(5.3%)およびC10:0 3OH(2.7%)。呼吸キノンはユビキノン-8でした。優勢な極性脂質は、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロールおよびジフォスファチジルグリセロールでした。ゲノムDNAのG+C含有量は70.4 mol%(ゲノムデータ)および71.4 mol%(HPLC)でした。株W35Tのゲノムサイズは6.1 MBPであり、平均ヌクレオチド同一性分析は、W35T株のゲノム類似性を示し、関連するアクアバクテリウム型株は78〜79%であることを示しています。多位の比較の結果は、W35T株がAquabacterium属の他のメンバーと明確に区別できることを示しました。したがって、Aquabacterium属、すなわちAquabacterium pictum sp。11月。型ひずみはW35T(= DSM 106757T = NBRC 111963T)です。Aquabacterium属の説明も改善されています。

有酸素性株W35T株、結合ベタロテオバクテリウムを厳密に有酸素酸化剤A含有ベタプロテオバクテリウムは、日本のタマ川でサンプリングされたバイオフィルムから分離されました。非運動性および棒状の細胞は、有機化合物を含む寒天プレート上にピンクベージの色素性コロニーを形成し、バクテリオクロロフィルAの存在に典型的な近赤外領域で871 nmでin vivo吸収最大を示しました。新しい細菌株はグラム陰性であり、オキシダーゼおよびカタラーゼ陽性です。16S RRNA遺伝子配列に基づく系統解析により、W35T株はアクアバクテリウム属の種と密接に関連していることが示されました。W35T株の最も近い系統発生系は、Aquabacterium commune B8T(97.9%配列の類似性)、Aquabacterium citratiphilum B4T(97.2%)、およびAquabacterium limnoticum ABP-4T(97.0%)でした。主要な細胞脂肪酸は、C16:1Ω7C(50.4%)、C16:0(22.7%)、合計機能8(C18:1Ω7C/C18:1Ω6C; 9.7%)、C18:3Ω6C(5.5%)、C12:0(5.3%)およびC10:0 3OH(2.7%)。呼吸キノンはユビキノン-8でした。優勢な極性脂質は、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロールおよびジフォスファチジルグリセロールでした。ゲノムDNAのG+C含有量は70.4 mol%(ゲノムデータ)および71.4 mol%(HPLC)でした。株W35Tのゲノムサイズは6.1 MBPであり、平均ヌクレオチド同一性分析は、W35T株のゲノム類似性を示し、関連するアクアバクテリウム型株は78〜79%であることを示しています。多位の比較の結果は、W35T株がAquabacterium属の他のメンバーと明確に区別できることを示しました。したがって、Aquabacterium属、すなわちAquabacterium pictum sp。11月。型ひずみはW35T(= DSM 106757T = NBRC 111963T)です。Aquabacterium属の説明も改善されています。

A strictly aerobic, bacteriochlorophyll a-containing betaproteobacterium, designated strain W35T, was isolated from a biofilm sampled at Tama River in Japan. The non-motile and rod-shaped cells formed pink-beige pigmented colonies on agar plates containing organic compounds, and showed an in vivo absorption maximum at 871 nm in the near-infrared region, typical for the presence of bacteriochlorophyll a. The new bacterial strain is Gram-negative, and oxidase- and catalase-positive. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence showed that strain W35T was closely related to species in the genus Aquabacterium. The closest phylogenetic relatives of strain W35T were Aquabacterium commune B8T (97.9 % sequence similarity), Aquabacterium citratiphilum B4T (97.2 %) and Aquabacterium limnoticum ABP-4T (97.0 %). The major cellular fatty acids were C16  :  1ω7c (50.4 %), C16  :  0 (22.7 %), summed feature 8 (C18  :  1ω7c/C18  :  1ω6c; 9.7 %), C18  :  3ω6c (5.5 %), C12  :  0 (5.3 %) and C10  :  0 3OH (2.7 %). The respiratory quinone was ubiquinone-8. Predominant polar lipids were phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol and diphosphatidylglycerol. The G+C content of the genomic DNA was 70.4 mol% (genome data) and 71.4 mol% (HPLC). The genome size of strain W35T is 6.1 Mbp and average nucleotide identity analysis indicated genome similarities of strain W35T and related Aquabacterium type strains to be 78-79 %. The results of polyphasic comparisons showed that strain W35T was clearly distinguishable from other members of the genus Aquabacterium. Therefore, we propose a new species in the genus Aquabacterium, namely, Aquabacterium pictum sp. nov. The type strain is W35T (=DSM 106757T=NBRC 111963T). The description of the genus Aquabacterium is also emended.

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