著名医師による解説が無料で読めます
すると翻訳の精度が向上します
この研究では、マレーシアで栽培されたいくつかのHevea brasiliensisクローンのRNAシーケンスは、毎年異なるゴム製の生産収量と耐病性をイルミナプラットフォームで実施しました。合計29,862,548個の読み取りが生成され、参照転写産物として使用された101,269個の組み立て転写産物が生成されました。非冗長（NR）タンパク質データベースに対する類似性検索では、83,771（83％）の陽性Blastxヒットが提示されました。トランスクリプトームは、遺伝子オントロジー（GO）、遺伝子とゲノムの京都百科事典（KEGG）、およびPFAMデータベースを使用して注釈を付けました。単一ヌクレオチド多型（SNP）を特定するために、推定分子マーカーの検索を実施しました。全体として、3,210,629個のSNPが検出され、MVAおよびMEP経路に関与する遺伝子に関連する合計1314個のSNPが同定されました。MVAおよびMEP経路に関連するシーケンスから、合計176のSNPプライマーペアが設計されました。RRIM 3001およびRRIM 712のトランスクリプトームはペアワイズ比較にさらされ、結果は、RRIM 3001に固有の1262の有意に差次的に発現した遺伝子があることを明らかにしました。AACTとして、HMG、PMK、MVD、DXS、およびHDSが含まれていました。結果は、H。brasiliensisトランスクリプトームの特性評価と、マレーシアの優れた特性を持つさまざまなゴム品種の遺伝子型同定のために、トランスクリプトームアセンブリのSNPの形での新しい分子マーカーの開発を促進します。
この研究では、マレーシアで栽培されたいくつかのHevea brasiliensisクローンのRNAシーケンスは、毎年異なるゴム製の生産収量と耐病性をイルミナプラットフォームで実施しました。合計29,862,548個の読み取りが生成され、参照転写産物として使用された101,269個の組み立て転写産物が生成されました。非冗長（NR）タンパク質データベースに対する類似性検索では、83,771（83％）の陽性Blastxヒットが提示されました。トランスクリプトームは、遺伝子オントロジー（GO）、遺伝子とゲノムの京都百科事典（KEGG）、およびPFAMデータベースを使用して注釈を付けました。単一ヌクレオチド多型（SNP）を特定するために、推定分子マーカーの検索を実施しました。全体として、3,210,629個のSNPが検出され、MVAおよびMEP経路に関与する遺伝子に関連する合計1314個のSNPが同定されました。MVAおよびMEP経路に関連するシーケンスから、合計176のSNPプライマーペアが設計されました。RRIM 3001およびRRIM 712のトランスクリプトームはペアワイズ比較にさらされ、結果は、RRIM 3001に固有の1262の有意に差次的に発現した遺伝子があることを明らかにしました。AACTとして、HMG、PMK、MVD、DXS、およびHDSが含まれていました。結果は、H。brasiliensisトランスクリプトームの特性評価と、マレーシアの優れた特性を持つさまざまなゴム品種の遺伝子型同定のために、トランスクリプトームアセンブリのSNPの形での新しい分子マーカーの開発を促進します。
In this study, RNA sequencing of several Hevea brasiliensis clones grown in Malaysia with different annual rubber production yields and disease resistance was performed on the Illumina platform. A total of 29,862,548 reads were generated, resulting in 101,269 assembled transcripts that were used as the reference transcripts. A similarity search against the non-redundant (nr) protein databases presented 83,771 (83%) positive BLASTx hits. The transcriptome was annotated using gene ontology (GO), the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and the Pfam database. A search for putative molecular markers was performed to identify single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Overall, 3,210,629 SNPs were detected and a total of 1314 SNPs associated with the genes involved in MVA and MEP pathways were identified. A total of 176 SNP primer pairs were designed from sequences that were related to the MVA and MEP pathways. The transcriptome of RRIM 3001 and RRIM 712 were subjected to pairwise comparison and the results revealed that there were 1262 significantly differentially expressed genes unique to RRIM 3001, 1499 significantly differentially expressed genes unique to RRIM 712 and several genes related to the MVA and MEP pathways such as AACT, HMGS, PMK, MVD, DXS and HDS were included. The results will facilitate the characterization of H. brasiliensis transcriptomes and the development of a new set of molecular markers in the form of SNPs from transcriptome assembly for the genotype identification of various rubber varieties with superior traits in Malaysia.
医師のための臨床サポートサービス
ヒポクラ x マイナビのご紹介
無料会員登録していただくと、さらに便利で効率的な検索が可能になります。