オンチップ同位性恐怖症を使用した細胞リサートからの濃縮された小RNAの分離

小さなRNA（SRNA）の役割と応用に対する関心が高まっているにもかかわらず、SRNA分離方法は一貫性がなく、退屈で、細胞の開始数に依存します。この作業では、ポリジメチルシロキサン（PDMS）メソ流体装置におけるK562（慢性骨髄性白血病）細胞の細胞リセートからSRNAを分離するためにITPを使用します。私たちの方法は、100〜1 000 000細胞にまたがる広範囲の細胞数の溶解物からの60枚のヌクレオチドのsRNAを特異的に精製します。Agilent Bioanalyzerを使用してSRNAの量を測定し、逆転写定量PCRによる抽出効率をさらに検証しました。私たちの方法は、特に少数の開始細胞を使用する場合、市販のSRNA分離キットよりもSRNA抽出においてより効率的であることが示されました。私たちのアッセイは、20分間のアッセイ時間と中間転送ステップを備えたシンプルで迅速なSRNA抽出方法を提示します。

In spite of the growing interest in the roles and applications of small RNAs (sRNAs), sRNA isolation methods are inconsistent, tedious, and dependent on the starting number of cells. In this work, we employ ITP to isolate sRNAs from the cell-lysate of K562 (chronic myelogenous leukemia) cells in a polydimethylsiloxane (PDMS) mesofluidic device. Our method specifically purifies sRNA of <60 nucleotides from lysate of a wide range of cell number spanning from 100 to 1 000 000 cells. We measured the amount of sRNA using the Agilent Bioanalyzer and further verified the extraction efficiency by reverse transcription quantitative PCR. Our method was shown to be more efficient in sRNA extraction than commercial sRNA isolation kits, especially when using smaller numbers of starting cells. Our assay presents a simple and rapid sRNA extraction method with 20 min assay time and no intermediate transfer steps.