RT-PCRによる転写読み取りスルーイベントの確認

キメラRNAは、異なる転写産物からのトランススプライシングまたは隣接する遺伝子（CIS-Sage）のCISスプライシングによって形成できます。2つの隣接遺伝子の読み取りスルー転写によるCIS-SAGEの結果。隣接する遺伝子の遺伝子間スプライシングの根底にあるメカニズムを調査するには、転写読み取りスルーを検出するためのアッセイを開発することが重要です。ここでは、CIS-Sage候補のプロセスを確認するための一般的なRT-PCRベースの方法について説明します。この方法では、PCRを使用して、読み取りスルー前駆体mRNAから逆転写されるcDNAを増幅します。結果は、さらに下流の機械的研究の基盤を提供します。

Chimeric RNAs can be formed by trans-splicing from different transcripts or cis-splicing of adjacent genes (cis-SAGe). Cis-SAGe results from read-through transcription of two neighbor genes. To investigate the mechanisms underlying intergenic splicing of adjacent genes, it is important to develop an assay to detect transcriptional read-through. Here, we describe a general RT-PCR based method to confirm the process for cis-SAGe candidates. In this method, we use PCR to amplify cDNA that is reverse transcribed from the read-through precursor mRNA. The result provides a foundation for further downstream mechanistic studies.