標準化されたMPSライブラリに関する研究所間研究：混合物と分解DNAを使用したパフォーマンス、一致、および感度の評価

seqforstrsプロジェクトのフレームワークにおけるラボン球間の大規模並列シーケンス（MPS）研究の結果を提示して、参照資料、混合、古代を含む標準化されたシーケンスライブラリを使用して、パフォーマンス、一致、感度などの法医学的に関連するパラメーターを評価します。DNAサンプル。標準化されたライブラリは、Forenseq DNA署名準備キット（Primer Mix A）を使用して準備されました。図書館は、特定のMISEQ FGXシーケンサーでMPを演奏するために、オーストリア、フランス、ドイツ、オランダ、スウェーデンにある8つのヨーロッパの研究所間で共有されました。シーケンスの実行間のパフォーマンスの変動にもかかわらず、すべての研究所は、メーカーの推奨範囲内に収まった品質メトリックを取得しました。さらに、遺伝子座のカバレッジの違いは、必然的にヘテロ接合バランスに悪影響を及ぼしませんでした。ラボン間の一致は、含まれている常染色体およびY-STRSの100％の一致遺伝子型を示したが、それでもX-STRの一致は83％を超えた。X-STRの不一致の排他的な理由は、DXS10103でのドロップアウトでした。感度実験により、正しい対立遺伝子呼び出しは、特にDNA量が少ない（≤125pg）に対してシーケンス機器間で変化することが示されました。侵害されたDNAサンプルの分析では、1つのサンプル（FA10013B01A）のドロップアウトが示されましたが、残りの3つの劣化DNAサンプルについては、MPSはすべてのASTSの87％以上、すべてのY-STRSの78％以上、68％以上の87％をタイプすることができました。すべてのX-STRSのうち、すべてのISNPの92％以上は、MPSが人間のアイデンティティテストの有望なツールであることを実証しています。

We present results from an inter-laboratory massively parallel sequencing (MPS) study in the framework of the SeqForSTRs project to evaluate forensically relevant parameters, such as performance, concordance, and sensitivity, using a standardized sequencing library including reference material, mixtures, and ancient DNA samples. The standardized library was prepared using the ForenSeq DNA Signature Prep Kit (primer mix A). The library was shared between eight European laboratories located in Austria, France, Germany, The Netherlands, and Sweden to perform MPS on their particular MiSeq FGx sequencers. Despite variation in performance between sequencing runs, all laboratories obtained quality metrics that fell within the manufacturer's recommended ranges. Furthermore, differences in locus coverage did not inevitably adversely affect heterozygous balance. Inter-laboratory concordance showed 100% concordant genotypes for the included autosomal and Y-STRs, and still, X-STR concordance exceeded 83%. The exclusive reasons for X-STR discordances were drop-outs at DXS10103. Sensitivity experiments demonstrated that correct allele calling varied between sequencing instruments in particular for lower DNA amounts (≤ 125 pg). The analysis of compromised DNA samples showed the drop-out of one sample (FA10013B01A) while for the remaining three degraded DNA samples MPS was able to successfully type ≥ 87% of all aSTRs, ≥ 78% of all Y-STRs, ≥ 68% of all X-STRs, and ≥ 92% of all iSNPs demonstrating that MPS is a promising tool for human identity testing, which in return, has to undergo rigorous in-house validation before it can be implemented into forensic routine casework.