GFPタグ付きタンパク質（GFP-EMSA）による電気泳動移動度シフトアッセイ

電気泳動移動度シフトアッセイ（EMSA）は、一般に核酸結合タンパク質の研究に使用されます。この技術は、タンパク質が核酸バンドの電気泳動移動度のシフトの視覚化を通じてRNAまたはDNAに結合していることを実証することができます。EMSAの主な欠点は、サンプルの汚染物質がバンドシフトを引き起こす可能性があるため、バンドシフトが精査中のタンパク質によるものであるという絶対的な確実性を常に提供するとは限らないことです。ここでは、標準のEMSAのバリエーションについて、追加の確実性で視覚化することを可能にします。これは、ゲルレッドなどのインターカレーターで染色された、その認知核酸標的標的配列へのGFPタグ付きタンパク質の結合の共局在バンドシフトです。ここでは、GFP-EMSAと呼ばれるこの有用な手法の説明的なプロトコルと、その利点と制限に関する特定のメモを提示します。

The electrophoretic mobility shift assay (EMSA) is commonly used for the study of nucleic acid-binding proteins. The technique can be used to demonstrate that a protein is binding to RNA or DNA through visualization of a shift in electrophoretic mobility of the nucleic acid band. A major disadvantage of the EMSA is that it does not always provide an absolute certitude that the band shift is due to the protein under scrutiny, as contaminants in the sample could also cause the band shift. Here we describe a variation of the standard EMSA allowing to visualize with added certitude, the co-localized band shifts of a GFP-tagged protein binding to its cognate nucleic acid target sequence stained with an intercalator, such as GelRed. Herein, we present an illustrative protocol of this useful technique called GFP-EMSA along with specific notes on its advantages and limitations.