呼吸病原体の同定のためのマルチプレックスPCR肺炎パネルのパフォーマンスと、集中治療ユニットの成人患者の下気道標本からの耐性の主な決定因子

背景：肺炎の微生物病因を確立するためのタイムリーな診断調査は、個々の患者に効果的な抗生物質療法の投与を確保するために不可欠です。 方法：マルチプレックスPCRアッセイパネル、FilmArray®肺炎パネル（FilmArray PP、Biofire Diagnostics）を評価しました。下気道感染症。 結果：51人の成人患者から得られた59の気管内吸引液と気管支肺胞洗浄標本のうち、FilmArray PPは、90％（95％信頼区間[CI]、73.5-97.9％）および73.5％の信頼性間隔[CI]、73.5-97.9％）の呼吸器細菌性病原体を検出するのに効果的でした。97.4％の負の一致（95％CI、96.0-98.4％）。FilmArray PP半定量的報告は、培養陽性標本で53.6％、培養陰性標本で86.3％の一致率を示しました。FilmArray PPは16のウイルスターゲットを検出しましたが、PCRと100％一致したインフルエンザAを除き、従来のウイルス分離は失敗しました。標本の42.3％で共感染が検出されました。抗菌抵抗性遺伝子標的を特定し、感受性試験で実質的な矛盾が観察されました。ただし、FilmArray PPは、培養および感受性テストの報告が利用できる前の肺炎の初期段階でも依然として有用である可能性があります。その結果、FilmArray PPの結果は、患者の40.7％の抗生物質処方を変える可能性があります。 結論：FilmArray PPは、下気道感染症のための迅速で敏感な診断方法を提供します。ただし、臨床的相関は、複数の病原体の解釈と抗菌薬耐性に関与する遺伝子の検出におけるその重要性を判断することをお勧めします。

BACKGROUND: Timely diagnostic investigation to establish the microbial etiology of pneumonia is essential to ensure the administration of effective antibiotic therapy to individual patients. METHODS: We evaluated a multiplex PCR assay panel, the FilmArray® pneumonia panel (FilmArray PP, BioFire Diagnostics), for detection of 35 respiratory pathogens and resistance determinants and compared the performance of the standard-of-care test in intensive care unit patients with lower respiratory tract infections. RESULTS: Among the 59 endotracheal aspirates and bronchoalveolar lavage specimens obtained from 51 adult patients, FilmArray PP was effective in detecting respiratory bacterial pathogens with an overall positive percent agreement of 90% (95% confidence interval [CI], 73.5-97.9%) and negative percent agreement of 97.4% (95% CI, 96.0-98.4%). FilmArray PP semi-quantitative reporting demonstrated a concordance rate of 53.6% for the culture-positive specimens and 86.3% for the culture-negative specimens. FilmArray PP detected 16 viral targets, whereas the conventional viral isolation failed, except influenza A, which showed 100% concordance with PCR. Coinfections were detected in 42.3% of the specimens. Substantial discrepancies were observed in identifying antimicrobial resistance gene targets and in the susceptibility testing. However, FilmArray PP may still be useful at the early stage of pneumonia before culture and susceptibility test reports are available. Consequently, the results of FilmArray PP might alter the antibiotic prescription in 40.7% of the patients. CONCLUSIONS: FilmArray PP offers a rapid and sensitive diagnostic method for lower respiratory tract infections. However, clinical correlation is advised to determine its significance in interpreting multiple pathogens and detection of genes involved in antimicrobial resistance.