EQTL分析の入門方法

発現定量的形質軌跡（EQTL）分析は、表現型の変動が与えられた遺伝子型に起因する方法を説明する強力な方法であることが証明されています。バイオインフォマティクスとゲノミクスの分野は、現代の技術的進歩により指数関数的な成長を経験していますが、意図しない結果は、多くのアプリケーションと方法のゴールドスタンダードの欠如として生じます。EQTL分析に取り組んでいる研究者は、それぞれが異なる仮定とアルゴリズムを備えた多数のバイオインフォマティクスソフトウェアを自由に自由に利用しており、それぞれの適用性に関して混乱を引き起こす可能性があります。この章では、EQTLを紹介し、一般的に使用されたソフトウェアを調査してマッピング研究を実施し、そのような分析の落とし穴を回避するためのデータ修正方法を提供します。

Expression quantitative trait locus (eQTL) analysis has proven to be a powerful method to describe how variation in phenotypes may be attributed to a given genotype. While the field of bioinformatics and genomics has experienced exponential growth with modern technological advances, an unintended consequence arises as a lack of a gold standard for many applications and methods, which may be compounded with ever-improving computational capabilities. Researchers working on eQTL analysis have at their disposal a multitude of bioinformatics software, each with different assumptions and algorithms, which may produce confusion as to their respective applicability. In this chapter, we will introduce eQTLs, survey commonly used software to conduct a mapping study, as well as provide data correction methods to avoid the pitfalls of such analyses.