16S rRNA遺伝子シーケンスによって明らかにされているように、イノシシ、市販の豚、家庭用ネイティブブタの糞便細菌群集の組成と機能的多様性

哺乳類の胃腸管の細菌群集は豊富で複雑です。現在までに、イノシシの腸内微生物叢についてはほとんど知られていません。この研究の目的は、イノシシの糞便細菌の多様性を調査し、市販の豚や家庭用豚と比較することを目的としています。食事の組成は、イノシシ、市販の豚、家庭用豚の食事が互いに異なることを示しました。1,760,000を超える品質フィルタリングされたシーケンスが得られ、結果は3つのグループで糞便微生物叢の異なる組成と多様性を明らかにしました。PCOAおよびNMDSの分析により、イノシシ、市販の豚、家庭用豚の糞便細菌群集が明らかに異なるクラスターを形成したことが示されました。3つのグループは、コア微生物叢コミュニティで構成されるOTUの大きなサイズを共有していましたが、家族レベルと属レベルには強い区別が存在していました。ルミノコッカス科、前葉科、およびクリステンセネラ科は、家庭用の豚や市販の豚よりも、野生のイノシシの糞の方が豊富でした。属レベルでは、正体不明のクリステンセネラ科の割合は野生のイノシシ群で著しく高く、市販の豚と家庭用の豚群には、連鎖球菌とラクトバチルスの存在量が多かった。メタゲノム機能のTAX4FUN予測は、3つのグループの糞便微生物叢の機能に統計的に有意な差を示しました。アミノ酸代謝、細胞の成長と死、細胞の運動性、エネルギー代謝、免疫系、野生のイノシシの糞で観察される環境適応を伴うより多くの細菌遺伝子がありましたが、市販のブタの糞には、炭水化物代謝、薬物耐性、老化、感染性の細菌遺伝子が含まれていました。疾患、脂質代謝、内分泌および代謝疾患。これらの結果は、野生のイノシシの糞便微生物生態系は、家庭用の豚や市販の豚の糞便微生物生態系とは大きく異なることを示しており、食事が糞便の細菌の存在量と多様性の違いにつながる重要な要因であることを示唆しています。

The bacterial community in mammalian gastrointestinal tract is abundant and complex. To date, little is known about the gut microbiota of wild boar. This study aimed to investigate the fecal bacterial diversity of wild boar and compare with commercial pig and domestic native pig. The diet composition showed that the diets of wild boar, commercial pig and domestic native pig were different from each other. More than 1,760,000 quality-filtered sequences were obtained, and the results revealed distinct compositions and diversity of fecal microbiota in three groups. PCoA and NMDS analyses showed that fecal bacterial communities of wild boar, commercial pig and domestic native pig formed distinctly different clusters. Although the three groups shared a large size of OTUs comprising a core microbiota community, a strong distinction existed at family and genus levels. Ruminococcaceae, Prevotellaceae and Christensenellaceae were more abundant in the feces of wild boar than in domestic native pig and commercial pig. At the genus level, the proportion of unidentified Christensenellaceae was remarkably higher in wild boar group, while commercial pig and domestic native pig group had a higher abundance of Streptococcus and Lactobacillus. Tax4Fun predictions of metagenome function showed statistically significant differences in the functions of fecal microbiota in three groups. There were more bacteria genes with amino acid metabolism, cell growth and death, cell motility, energy metabolism, immune system and environmental adaptation observed in wild boar feces, while commercial pig feces contained more bacteria genes with carbohydrate metabolism, drug resistance, aging, infectious diseases, lipid metabolism, endocrine and metabolic diseases. These results indicated that the fecal microbial ecosystem of the wild boar is significantly different from that of domestic native pig and commercial pig, suggesting that diet is an important factor leading to differences in bacterial abundance and diversity in feces.