ゼブラフィッシュにおけるフォークヘッドボックスプロテインファミリーの新しいメンバー：ドメインの組成、系統発生の意味、胚発現パターン

この研究では、モデルゼブラフィッシュ（ダニオレリオ）にあるフォークヘッドボックス（FOX）タンパク質の新規メンバーを報告しました。私たちがクローニングしたこの新しい遺伝子は、主にZGC：162612として割り当てられました。これは、ゼブラフィッシュゲノムの26,108,033-26,109,322の染色体3に位置していますが、特性化されていないタンパク質、LOC100037333をコードします。ヌクレオチドを決定し、ZGC：162612のアミノ酸配列を推定した後、ZGC：162612はイントロンのない遺伝子であり、308アミノ酸残基をコードする1290塩基ペアが含まれていることがわかりました。ZGC：162612タンパク質は、Foxタンパク質ファミリーと同様の高度に保存されたDNA結合ドメインで構成されていますが、末端ドメインは可変です。ゼブラフィッシュフォックスタンパク質ファミリー内のすべての既知のメンバーの系統解析に基づいて、ZGC：162612はゼブラフィッシュFOXDアイソフォームサブファミリーにクラスター化されました。したがって、ZGC：162612をゼブラフィッシュFOXD7遺伝子として確認しました。ゼブラフィッシュFOXD7の推定アミノ酸配列は、それぞれ49、49、74、63、74％のアイデンティティを共有し、ゼブラフィッシュFOXD1、FOXD2、FOXD3、FOXD4、FOXD6のアイデンティティとそれぞれ共有しました。無脊椎動物および脊椎動物種のすべての既知のFOXDタンパク質と比較して、ゼブラフィッシュFOXD7は、同じ単系統群とCephalaColdateおよびSea UnchinのFOXDとともに分類されます。in situ in situハイブリダイゼーション全体で、ゼブラフィッシュFOXD7転写産物が母体の遺伝を表し、胚全体で12HPFで遍在的に発現したことが示されました。さらに、FOXD7転写産物は脳、脊髄、フィン、眼で初期の発生段階で発現していましたが、主に発達段階の終脳脳室帯に提示され、FOXD7がゼブラフィッシュの発生中に神経新生と有機発生において役割を果たす可能性があることを示唆しています。。まとめると、ゼブラフィッシュゲノムZGC：162612で以前に特性化されていない遺伝子を定義し、ZGC：162612が新規推定転写因子をコードし、ゼブラフィッシュFOXDアイソフォームサブファミリーの新しいメンバーになることを明らかにしました。

In this study, we reported a novel member of Forkhead box (Fox) proteins found in model zebrafish (Danio rerio). This new gene we cloned was primarily assigned as zgc:162612, which locates on Chromosome 3 at 26,108,033-26,109,322 in the zebrafish genome, but encodes an uncharacterized protein, LOC100037333. After we determined the nucleotide and deduced amino acid sequences of zgc:162612, we found that zgc:162612 is an intronless gene and contains 1290 base pairs encoding 308 amino acid residues. Zgc:162612 protein is composed of a highly conserved DNA-binding domain similar to that of the Fox protein family, but with variable terminal domains. Based on phylogenetic analysis of all known members within the zebrafish Fox protein family, zgc:162612 was clustered into the zebrafish FoxD isoform subfamily. Thus, we confirmed zgc:162612 as the zebrafish FoxD7 gene. The deduced amino acid sequence of zebrafish FoxD7 shared 49, 49, 74, 63 and 74% identities with that of zebrafish FoxD1, FoxD2, FoxD3, FoxD4 and FoxD6, respectively. Compared with all known FoxD proteins in invertebrate and vertebrate species, the zebrafish FoxD7 is categorized in the same monophyletic group along with FoxD of cephalochordate and sea urchin. Whole-mount in situ hybridization demonstrated that zebrafish FoxD7 transcripts represented maternal inheritance and were ubiquitously expressed throughout the whole embryo at 12hpf. Moreover, while FoxD7 transcripts were expressed in the brain, spinal cord, fins and eyes at early developmental stages, they were mainly presented in the telencephalon ventricular zone at late developmental stages, suggesting that FoxD7 may play roles in neurogenesis and organogenesis during development of zebrafish. Taken together, we have defined a previously uncharacterized gene in the zebrafish genome, zgc:162612, and revealed that Zgc:162612 encodes a novel putative transcription factor, thus becoming a new member of the zebrafish FoxD isoform subfamily.