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赤外線多重光子解離（IRMPD）分光法を使用して、気相に9-エチルグアニン（9EG）を含む3つのプロトン化塩基対の不一致の構造をプローブしています。計算化学は、相対的なエネルギーを決定し、これらの複合体の赤外線スペクトルを計算するために使用されてきました。IRMPDスペクトルを計算されたスペクトルと比較することにより、すべての場合において、実験的に観察されたものが最低のエネルギー計算構造であると推測することができました。9EGと1-メチルチミン（1MT）の間のプロトン化複合体は、9EGのN7でプロトン化されています。この研究の3つの塩基の中で最も基本的な部位であり、2つの水素結合を持つHoogsteenタイプ構造に結合しています。9EGと9-メチルアデニン（9MA）のプロトン化複合体の実験的IRMPDスペクトルは、アデニンのN1でプロトン化され、9EGを含む2つの水素結合を含む2つの最低エネルギー構造の組み合わせから生じると説明されています。両方の。9EGのプロトン化二量体は、N7でN7-H+-N7イオン水素結合でプロトン化されます。また、プロトン化グアニンのC-Hと中性グアニンのO6カルボニルとの相互作用も含まれています。これは、そのカルボニルストレッチのわずかな赤いシフトで現れます。プロトン化された9EG/9MA構造は、RNAのX線結晶学によって以前に特定されており、タンパク質データベースに含まれています。
赤外線多重光子解離（IRMPD）分光法を使用して、気相に9-エチルグアニン（9EG）を含む3つのプロトン化塩基対の不一致の構造をプローブしています。計算化学は、相対的なエネルギーを決定し、これらの複合体の赤外線スペクトルを計算するために使用されてきました。IRMPDスペクトルを計算されたスペクトルと比較することにより、すべての場合において、実験的に観察されたものが最低のエネルギー計算構造であると推測することができました。9EGと1-メチルチミン（1MT）の間のプロトン化複合体は、9EGのN7でプロトン化されています。この研究の3つの塩基の中で最も基本的な部位であり、2つの水素結合を持つHoogsteenタイプ構造に結合しています。9EGと9-メチルアデニン（9MA）のプロトン化複合体の実験的IRMPDスペクトルは、アデニンのN1でプロトン化され、9EGを含む2つの水素結合を含む2つの最低エネルギー構造の組み合わせから生じると説明されています。両方の。9EGのプロトン化二量体は、N7でN7-H+-N7イオン水素結合でプロトン化されます。また、プロトン化グアニンのC-Hと中性グアニンのO6カルボニルとの相互作用も含まれています。これは、そのカルボニルストレッチのわずかな赤いシフトで現れます。プロトン化された9EG/9MA構造は、RNAのX線結晶学によって以前に特定されており、タンパク質データベースに含まれています。
Infrared multiple photon dissociation (IRMPD) spectroscopy has been used to probe the structures of the three protonated base-pair mismatches containing 9-ethylguanine (9eG) in the gas phase. Computational chemistry has been used to determine the relative energies and compute the infrared spectra of these complexes. By comparing the IRMPD spectra with the computed spectra, in all cases, it was possible to deduce that what was observed experimentally were the lowest energy computed structures. The protonated complex between 9eG and 1-methylthymine (1mT) is protonated at N7 of 9eG-the most basic site of all three bases in this study-and bound in a Hoogsteen type structure with two hydrogen bonds. The experimental IRMPD spectrum for the protonated complex between 9eG and 9-methyladenine (9mA) is described as arising from a combination of the two lowest energy structures, both which are protonated at N1 of adenine and each containing two hydrogen bonds with 9eG being the acceptor of both. The protonated dimer of 9eG is protonated at N7 with an N7-H+-N7 ionic hydrogen bond. It also contains an interaction between a C-H of protonated guanine and the O6 carbonyl of neutral guanine which is manifested in a slight red shift of that carbonyl stretch. The protonated 9eG/9mA structures have been previously identified by X-ray crystallography in RNA and are contained within the protein database.
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