ヤギのポールインターセックスインターセックス症候群のバリアントの新しいゲノム特徴は、長期にわたって全ゲノムシーケンスによって解かれています

国内のヤギでは、投票されたインターセックス症候群（PIS）は、ホーンの成長の欠如に関連するXXの女性から男性の性逆転を指します（投票）。因果変異体は、FOXL2およびいくつかの長い非コードRNAの両方の転写に影響を与える染色体1で約129 MBで11.7 kbの欠失として以前に報告されていました。その間、PIS欠失の異なるバージョンの存在が仮定され、既存の分子遺伝情報を使用した遺伝子検査を確立するための試験が失敗しました。したがって、2つの遺伝的に女性（xx）ヤギの長い読み取り全ゲノムシーケンス、PISに影響を受けたコントロールによって、このバリアントを再訪しました。これにより、総長さ10 159 bpの欠失と、2つの遺伝子、KCNJ15とERGを含む染色体1にさらに下流にある約21 MBの下流に位置する領域の約480 kbサイズの重複セグメントで構成される、より複雑な構造変異体が存在することが明らかになりました。一般に利用可能な短い読み取り全ゲノムシーケンスデータ、両方の関与したゲノム領域に対応するBACクローンを使用したブレークポイントのサンガーシーケンス、および魚は、この構造変異体を確認しました。診断PCRは、このバリアントのためのキャリアの同時遺伝子型とそれらの遺伝的性別の決定のために開発されました。バリアント対立遺伝子は、多様な品種の334の遺伝子型投票ヤギすべてに存在し、分析された15のPIに影響を受けたXXヤギがホモ接合性であることを示しました。私たちの発見により、ヤギの世論調査とPIの正確な遺伝的診断が初めて可能になり、Pis現象の複雑さにさらにゲノム特徴を追加します。

In domestic goats, the polled intersex syndrome (PIS) refers to XX female-to-male sex reversal associated with the absence of horn growth (polled). The causal variant was previously reported as a 11.7 kb deletion at approximately 129 Mb on chromosome 1 that affects the transcription of both FOXL2 and several long non-coding RNAs. In the meantime the presence of different versions of the PIS deletion was postulated and trials to establish genetic testing with the existing molecular genetic information failed. Therefore, we revisited this variant by long-read whole-genome sequencing of two genetically female (XX) goats, a PIS-affected and a horned control. This revealed the presence of a more complex structural variant consisting of a deletion with a total length of 10 159 bp and an inversely inserted approximately 480 kb-sized duplicated segment of a region located approximately 21 Mb further downstream on chromosome 1 containing two genes, KCNJ15 and ERG. Publicly available short-read whole-genome sequencing data, Sanger sequencing of the breakpoints and FISH using BAC clones corresponding to both involved genome regions confirmed this structural variant. A diagnostic PCR was developed for simultaneous genotyping of carriers for this variant and determination of their genetic sex. We showed that the variant allele was present in all 334 genotyped polled goats of diverse breeds and that all analyzed 15 PIS-affected XX goats were homozygous. Our findings enable for the first time a precise genetic diagnosis for polledness and PIS in goats and add a further genomic feature to the complexity of the PIS phenomenon.