TAPSを使用した正確な標的の長期DNAメチル化とヒドロキシメチル化シーケンス

ナノグラムレベルの入力から最大10 kbの領域でのDNAメチル化とヒドロキシメチル化の標的塩基分解シーケンスのために、長期にわたって読み取られたテット支援ピリジンボランシーケンス（LRTAPS）を提示します。Oxford NanoporeおよびPacbioシングル分子リアルタイム（SMRT）シーケンスの両方と互換性があるLRTAPSは、短い読み取りイルミナシーケンスに匹敵するが、長距離エピジェネティックなフェージングと同等の精度でメチル化を検出します。LRTAPSを適用して、マウス胚性幹細胞のマップ領域が困難な領域を配列し、統合されたB型肝炎ウイルスゲノムの異なるメチル化イベントを特定しました。

We present long-read Tet-assisted pyridine borane sequencing (lrTAPS) for targeted base-resolution sequencing of DNA methylation and hydroxymethylation in regions up to 10 kb from nanogram-level input. Compatible with both Oxford Nanopore and PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing, lrTAPS detects methylation with accuracy comparable to short-read Illumina sequencing but with long-range epigenetic phasing. We applied lrTAPS to sequence difficult-to-map regions in mouse embryonic stem cells and to identify distinct methylation events in the integrated hepatitis B virus genome.