QuantiseQを使用して、RNA-seqデータから腫瘍浸潤免疫細胞をデコンボル化します

腫瘍浸潤免疫細胞は、抗腫瘍および原因性機能を発揮することにより、腫瘍の成長と免疫療法に対する反応に影響を与える自然および適応免疫系のさまざまな細胞を構成します。したがって、腫瘍免疫浸潤物の定量化は、癌免疫学および免疫療法にとって最も重要です。最近、血液または腫瘍サンプルからのバルクRNAシーケンス（RNA-seq）データから免疫細胞画分を定量化するための計算パイプラインであるQuantiseQを開発しました。この章では、2つの公開されているデータセットを分析することにより、QuantiseQの機能を示します。最初の例では、QuantiseQを使用して、前処理されたRNA-Seqデータから循環免疫細胞を定量化する方法と、一致したフローサイトメトリーデータを使用して結果を検証する方法を示します。2番目の例では、キナーゼ阻害剤と一緒に収集したメラノーマ患者のバルク腫瘍サンプルからの生のRNA-seqデータを分析して、標的薬物および従来の薬物の免疫学的効果を明らかにするためにQuantiseQを使用する方法を示します。

Tumor-infiltrating immune cells comprise various cells of the innate and the adaptive immune system, which influence tumor growth and response to immunotherapy by exerting anti- and protumorigenic functions. Therefore, the quantification of tumor immune infiltrates is of paramount importance for cancer immunology and immunotherapy. We recently developed quanTIseq, a computational pipeline for the quantification of immune-cell fractions from bulk RNA sequencing (RNA-seq) data from blood or tumor samples. In this chapter, we show the capabilities of quanTIseq by analyzing two publicly available data sets. In the first example, we demonstrate how quanTIseq can be used to quantify circulating immune cells from preprocessed RNA-seq data and how to validate the results using matched flow cytometry data. In the second example, we analyze raw RNA-seq data from bulk tumor samples of melanoma patients collected before and on-treatment with kinase inhibitors to show how quanTIseq can be used to reveal the immunological effects of targeted and conventional drugs.