SNP-SNPマーカーのセットを検出するための新しいアプローチ：ARMS-PCRとスナップショットテクノロジーを組み合わせる

マイクロハプロタイプは、新しい有望なタイプの法医学的遺伝マーカーです。STRSのようにst音と高い突然変異率の干渉がなく、2つのSNPで構成される単一SNPよりも短い増幅長と高度な多型があるSNP SNPで構成されるマイクロハプロタイプは、強力な応用の可能性があります。現在、マイクロハプロタイプを検出する最も一般的な方法は、大規模な並列シーケンスです。ただし、楽器のコストと広範な使用は、法医学研究所での幅広いアプリケーションを制限しています。この研究では、23の新しいSNP-SNP遺伝子座をスクリーニングし、CEに基づいて多重化耐火変異システムベースのPCR（ARMS-PCR）とSNAPSHOTテクノロジーを組み合わせて新しい検出方法を確立しました。最初に、SNP 1（SNP-SNPの最初のSNP）のARMS-PCRを設計する際に、プライマーの3 '端からアンティペングランのベースで追加の意図的な不一致を導入しました。次に、SNP 2（2番目のSNP）の位置の隣に設計されました。最後に、15個の遺伝子座が4つのパネルに正常に組み込まれ、これらの遺伝子座は南西中国のHAN集団で比較的高いレベルの多型を示しました。すべての遺伝子座には、有益な遺伝子型（I値）の平均確率が0.319で、0.999999999の組み合わせ識別力がありました。したがって、この新しい検出システムは、現在の方法の貴重な補足を提供します。

Microhaplotypes are a new promising type of forensic genetic marker. Without the interference of stutter and high mutation rates as for STRs, and with short amplification lengths and a higher degree of polymorphism than single SNP, microhaplotypes composed of two SNPs, SNP-SNP, have a strong application potential. Currently, the most common method to detect microhaplotypes is massive parallel sequencing. However, the cost and extensive use of instruments limit its wide application in forensic laboratories. In this study, we screened 23 new SNP-SNP loci and established a new detection method by combining a multiplex amplification refractory mutation system-based PCR (ARMS-PCR) and SNaPshot technology based on CE. First, we introduced an additional deliberate mismatch at the antepenultimate base from the 3' end of primers when designing ARMS-PCR for SNP 1 (the first SNP of the SNP-SNP). Then, single base extension primers for SNaPshot assay were designed next to the position of SNP 2 (the second SNP). Finally, 15 loci were successfully built into four panels and these loci showed a relatively high level of polymorphism in the Southwest Chinese Han population. All the loci had an average probability of informative genotypes (I value) of 0.319 and a combined discrimination power of 0.999999999. Therefore, this new detection system will provide a valuable supplement to current methods.