カルバペネム耐性腸菌菌の保因者における腸管症

カルバペネム耐性腸内細菌科（CRE）の感染は、医療環境で重要な課題となり、世界中で懸念が高まっています。感染の前には植民地化があるため、後者を理解するとCRE感染症が減少する可能性があります。CREキャリアの腸内微生物叢を特徴付けることを目指しました。入院したCREキャリアと2つの対照群、入院していない非キャリアと健康な成人から収集された糞便サンプルの抽出された16S RRNA遺伝子シーケンスを使用して、腸内微生物叢を評価しました。Cre-Colonized患者の微生物叢の多様性と組成は、対照群の参加者の多様性とは異なりました。これらのCREキャリアは、腸内生物の多様性と異常な微生物叢を示し、腸内菌の濃縮と同時に腸内菌のメンバーと濃縮され、嫌気性コメンサルの枯渇が観察されました。さらに、CREキャリアでは、いくつかの予測される代謝経路の変化が観察されました。同時に、CREキャリアで菌血症の有病率が高いことがわかりました。微生物叢の変化を誘発する可能性のあるいくつかの臨床的要因が調べられ、グループ間で取るに足らないことがわかった。Cre-Colonized患者の微生物叢の組成および機能的変化は、全身感染のリスクの増加と関連しています。私たちの研究結果は、プロバイオティクスまたは糞便移植を伴う異常な微生物叢を回復しようとする試みの正当化を提供します。腸内微生物叢は、病原性細菌によるコロニー形成に対する保護を含む、宿主の正常な機能と健康に重要な役割を果たします。腸内微生物プロファイルの変化は、潜在的に早期診断ツールとして機能する可能性があり、抗生物質耐性病原体を含む有害な細菌によるコロニー形成および運送に対する治療戦略として機能する可能性があります。ここでは、入院患者の微生物叢が特定の分類群を実証したことを示しています。これは、カルバペネム耐性腸内菌（CRE）と非キャリアの航空会社の間で異なることを示しています。微生物叢の違いは、全身感染の有病率の増加に関連して、微生物叢特異的代謝能力の変化も決定します。特定の株の再導入および/またはプロバイオティクスまたは糞便移植による異常症の補正は、抗生物質耐性病原体の保護または枯渇に関与する細菌分類群によるコロニー形成に潜在的につながる可能性があります。

Infection with carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) has become an important challenge in health care settings and a growing concern worldwide. Since infection is preceded by colonization, an understanding of the latter may reduce CRE infections. We aimed to characterize the gut microbiota in CRE carriers, assuming that microbiota alterations precede CRE colonization. We evaluated the gut microbiota using 16S rRNA gene sequencing extracted of fecal samples collected from hospitalized CRE carriers and two control groups, hospitalized noncarriers and healthy adults. The microbiota diversity and composition in CRE-colonized patients differed from those of the control group participants. These CRE carriers displayed lower phylogenetic diversity and dysbiotic microbiota, enriched with members of the family Enterobacteriaceae Concurrent with the enrichment in Enterobacteriaceae, a depletion of anaerobic commensals was observed. Additionally, changes in several predicted metabolic pathways were observed for the CRE carriers. Concomitantly, we found higher prevalence of bacteremia in the CRE carriers. Several clinical factors that might induce changes in the microbiota were examined and found to be insignificant between the groups. The compositional and functional changes in the microbiota of CRE-colonized patients are associated with increased risk for systemic infection. Our study results provide justification for attempts to restore the dysbiotic microbiota with probiotics or fecal transplantation.IMPORTANCE The gut microbiota plays important roles in the host's normal function and health, including protection against colonization by pathogenic bacteria. Alterations in the gut microbial profile can potentially serve as an early diagnostic tool, as well as a therapeutic strategy against colonization by and carriage of harmful bacteria, including antibiotic-resistant pathogens. Here, we show that the microbiota of hospitalized patients demonstrated specific taxa which differed between carriers of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) and noncarriers. The difference in the microbiota also dictates alterations in microbiome-specific metabolic capabilities, in association with increased prevalence of systemic infection. Reintroducing specific strains and/or correction of dysbiosis with probiotics or fecal transplantation may potentially lead to colonization by bacterial taxa responsible for protection against or depletion of antibiotic-resistant pathogens.