エチオピア東部の小児におけるカンピロバクター種の共発生、および環境腸の機能障害、下痢、および宿主マイクロビオームとの関連

幼少期のカンピロバクターの高い有病率は、特に低リソースの設定で、発育阻害および環境腸の機能障害（EED）と関連しています。この研究では、カンピロバクター属の有病率、多様性、豊かさ、および共起を評価しました。エチオピア東部の農村地域の子供たちの便で、子どもたちの微生物叢、下痢、EEDとの関係。エチオピアのハラマヤ地区にある5つのケベルで、ランダムに選択された子供（年齢範囲：360〜498日）から便サンプル（n = 100）を収集しました。下痢、腸の透過性の妥協、および腸の炎症は、それぞれ子供の48、45、および57％で観察されました。カンピロバクターの有病率と種の多様性は、PCRおよびメタ細胞RNAシーケンス（METR）を使用して評価されました。カンピロバクター属の有病率。小児の便では、PCRで50％（41-60％）、METRで88％（80-93.6％）でした（P <0.01）。さらに、7つのカンピロバクター種（カンピロバクタージェジュニ、カンピロバクターアップサリエンシス、カンピロバクターヒオインテストシナリス、カンピロバクター大腸菌、カンピロバクターsp。RM6137、未培養のカンピロバクターsp。、カンピロバクターsp。 （> 1.76-log陽性の便サンプルあたり100万あたりの読み取り）。スツールサンプルに共起したカンピロバクター種の4つのクラスター（クラスターあたり5〜12種）は、子供のカンピロバクターの植民地化が複数の貯水池またはいくつかのカンピロバクター種が共存する可能性のある貯水池から発生したことを示唆しています。この断面研究では、カンピロバクター属、EED、および下痢の間の関連性は検出されませんでした。しかし、特徴的な微生物叢プロファイルは、カンピロバクター属、EEDの重症度、および下痢の有病率に基づいて特定されました。47種の細菌種はカンピロバクターと相関しており、そのうち13種は腸の透過性、腸の炎症、および/またはEEDの重症度とも相関していました。カンピロバクターと相関していない49種は、腸の透過性、腸の炎症、EEDの重症度、および/または下痢と相関していました。この研究は、（1）C。jejuniおよびC. coliに加えて、複数の非セルモフィリックカンピロバクター属に加えていることを実証しました。（すなわち、カンピロバクターヒロティナリス、カンピロバクター胎児、およびカンピロバクター炎症）は、子供の便で頻繁に検出され、（2）カンピロバクター、腸の透過性、腸の炎症、EED重症度、および下痢が特徴的な微生物組成に関連していました。環境貯留層と異種のカンピロバクター種の子供の感染源を特定し、低所得国のEEDとの関連をよりよく定義するためには、追加の空間的および縦断的研究が必要です。

High Campylobacter prevalence during early childhood has been associated with stunting and environmental enteric dysfunction (EED), especially in low resource settings. This study assessed the prevalence, diversity, abundance, and co-occurrence of Campylobacter spp. in stools from children in a rural area of eastern Ethiopia and their association with microbiome, diarrhea, and EED in children. Stool samples (n = 100) were collected from randomly selected children (age range: 360-498 days) in five kebeles in Haramaya District, Ethiopia. Diarrhea, compromised gut permeability, and gut inflammation were observed in 48, 45, and 57% of children, respectively. Campylobacter prevalence and species diversity were assessed using PCR and meta-total RNA sequencing (MeTRS). The prevalence of Campylobacter spp. in the children's stools was 50% (41-60%) by PCR and 88% (80-93.6%) by MeTRS (P < 0.01). Further, seven Campylobacter species (Campylobacter jejuni, Campylobacter upsaliensis, Campylobacter hyointestinalis, Campylobacter coli, Campylobacter sp. RM6137, uncultured Campylobacter sp., and Campylobacter sp. RM12175) were detected by MeTRS in at least 40% of children stools in high abundance (>1.76-log read per million per positive stool sample). Four clusters of Campylobacter species (5-12 species per cluster) co-occurred in the stool samples, suggesting that Campylobacter colonization of children may have occurred through multiple reservoirs or from a reservoir in which several Campylobacter species may co-inhabit. No associations between Campylobacter spp., EED, and diarrhea were detected in this cross-sectional study; however, characteristic microbiome profiles were identified based on the prevalence of Campylobacter spp., EED severity, and diarrhea. Forty-seven bacterial species were correlated with Campylobacter, and 13 of them also correlated with gut permeability, gut inflammation and/or EED severity. Forty-nine species not correlated with Campylobacter were correlated with gut permeability, gut inflammation, EED severity and/or diarrhea. This study demonstrated that (1) in addition to C. jejuni and C. coli, multiple non-thermophilic Campylobacter spp. (i.e., Campylobacter hyointestinalis, Campylobacter fetus, and Campylobacter concisus) were frequently detected in the children's stools and (2) the Campylobacter, gut permeability, gut inflammation, EED severity, and diarrhea were associated with characteristic microbiome composition. Additional spatial and longitudinal studies are needed to identify environmental reservoirs and sources of infection of children with disparate Campylobacter species and to better define their associations with EED in low-income countries.