単一のヌクレオチド多型は、RNA二次構造の変調を通じて距離でRNAタンパク質の相互作用に影響を与えます

単一のヌクレオチド多型は病気と広く関連していますが、特に非コード領域に現れる場合、表現型の変化を引き起こす方法はしばしば不明です。非コーディングの多型が病気を引き起こす可能性のある1つの方法は、重要なRNAタンパク質相互作用に影響を与えることです。タンパク質結合モチーフの変化がタンパク質結合を変えることは明らかですが、単一ヌクレオチド多型がRNA二次構造に影響を与える可能性があることが示されており、ここでは、単一のヌクレオチド多型が、変化したRNAを介して外部結合モチーフからのRNAタンパク質の相互作用に影響を与える可能性があることを示しています。二次構造。ヒトにおけるHuR（ELAVL1）のViennaパッケージの修正バージョンとParクリップデータを使用することにより、HuR結合に対する単一ヌクレオチド多型のゲノムワイド効果を特徴付け、それらがの親和性に多倍の効果を持つことができることを示しています。数十の塩基からのRNA転写産物へのハー結合。また、タンパク質結合に対する単一ヌクレオチド多型の効果が選択されている可能性があるといういくつかの証拠があり、非参照対立遺伝子はタンパク質が結合するのを難しくする傾向があります。

Single nucleotide polymorphisms are widely associated with disease, but the ways in which they cause altered phenotypes are often unclear, especially when they appear in non-coding regions. One way in which non-coding polymorphisms could cause disease is by affecting crucial RNA-protein interactions. While it is clear that changing a protein binding motif will alter protein binding, it has been shown that single nucleotide polymorphisms can affect RNA secondary structure, and here we show that single nucleotide polymorphisms can affect RNA-protein interactions from outside binding motifs through altered RNA secondary structure. By using a modified version of the Vienna Package and PAR-CLIP data for HuR (ELAVL1) in humans we characterize the genome-wide effect of single nucleotide polymorphisms on HuR binding and show that they can have a many-fold effect on the affinity of HuR binding to RNA transcripts from tens of bases away. We also find some evidence that the effect of single nucleotide polymorphisms on protein binding might be under selection, with the non-reference alleles tending to make it harder for a protein to bind.