Hook2およびGTPBP3のコーディングバリアントは、一次角閉鎖緑内障のリスクに寄与する可能性があります

一次角閉鎖緑内障（PACG）は、世界中の失明の主な原因です。この研究では、中国の漢民族のPACG関連のバリアントを選別することを提案しました。5人の確認されたPACG患者と、PACG濃縮された中国の漢族内の2人の主要な角度閉鎖疑わしい個人に全エクソームシーケンスが適用されました。一連のバイオインフォマティクス分析が実装され、PACG用の高リスクの単一ヌクレオチドバリアント（SNV）遺伝子座を取得し、その後、リンケージゲノム領域を特定するためのリンケージ分析に使用されました。さらに、MassArray SNVジェノタイピングは、高リスクのPACG遺伝子座と、251 PACGおよび251の正常サンプルを含む別の独立したコホート内のリンケージ領域内の領域に適用され、高度SNVをさらにスクリーニングしました。結合分析後、19個の遺伝子の合計27個の遺伝子座が残った。19の遺伝子は、レチノール代謝やサルモネラ感染を含むPACGに密接に関連する生物学的プロセスで有意に濃縮されました。Hook2のExon15の2つの非同義SNV遺伝子座、RS897804およびGTPBP3のExon7のRS3745193は、マサレイSNV遺伝子型データの関連分析後のコントロールサンプルの2つのバリアント周波数で認識されました。この研究は、中国の漢民族のPACG発生率の理解に新たな光を当てています。

Primary angle closure glaucoma (PACG) is a major cause of blindness worldwide. This study proposed to screen candidate PACG-associated variants in Chinese Han people. Whole exome sequencing was applied to five confirmed PACG patients and two primary angle closure suspect individuals within a PACG-enriched Chinese Han family. A series of bioinformatics analyses were implemented to obtain high-risk single nucleotide variant (SNV) loci for PACG, which were subsequently used for linkage analysis for identifying linkage genome regions. In addition, MassARRAY SNV genotyping was applied to high-risk PACG loci as well as those within linkage regions in another independent cohort including 251 PACG and 251 normal samples to further screen high-confidence SNVs. A total of 27 loci in 19 genes remained after linkage analysis. The 19 genes were significantly enriched in biological processes tightly related to PACG, including retinol metabolism and salmonella infection. Two nonsynonymous SNV loci, rs897804 in exon15 of HOOK2 and rs3745193 in exon7 of GTPBP3, were recognized with higher variant frequency in PACG samples than that in control samples after association analysis of MassARRAY SNV genotyping data. This study sheds new light on the understanding of PACG incidence among Chinese Han people.