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Bioinformatics (Oxford, England)2020Jul01Vol.36issue(13)

GenoZIP:VCFファイルの高速で効率的な圧縮ツール

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

動機:GenoZIPは、バリアントコールフォーマット(VCF)ファイル用の新しいロスレス圧縮ツールです。フィールド固有のアルゴリズムを適用し、利用可能な計算ハードウェアを完全に活用することにより、GenoZIPは、著者に知られている既存の損失レス圧縮ツールの中で最高の圧縮比を達成し、最速のマルチスレッドコンプレッサーに匹敵する速度で達成します。 可用性と実装:GenoZIPは、非営利ユーザーが自由に利用できます。Conda-Forge、Docker Hubを介してインストールするか、github.com/divonlan/genozipからダウンロードできます。 補足情報:補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。

動機:GenoZIPは、バリアントコールフォーマット(VCF)ファイル用の新しいロスレス圧縮ツールです。フィールド固有のアルゴリズムを適用し、利用可能な計算ハードウェアを完全に活用することにより、GenoZIPは、著者に知られている既存の損失レス圧縮ツールの中で最高の圧縮比を達成し、最速のマルチスレッドコンプレッサーに匹敵する速度で達成します。 可用性と実装:GenoZIPは、非営利ユーザーが自由に利用できます。Conda-Forge、Docker Hubを介してインストールするか、github.com/divonlan/genozipからダウンロードできます。 補足情報:補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。

MOTIVATION: genozip is a new lossless compression tool for Variant Call Format (VCF) files. By applying field-specific algorithms and fully utilizing the available computational hardware, genozip achieves the highest compression ratios amongst existing lossless compression tools known to the authors, at speeds comparable with the fastest multi-threaded compressors. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: genozip is freely available to non-commercial users. It can be installed via conda-forge, Docker Hub, or downloaded from github.com/divonlan/genozip. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

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