SNPパネルによる新jiang近交系集団のゲノムホモ接合性の評価

新jiangの近交系牛は、45年間非常に近親交配されてきた人口です。ただし、元の記録が不足しているため、この集団の品種起源は後退することはできません。新jiangの近交系牛の遺伝的背景を示すために、主成分分析と混合法を使用して、16の牛の品種の世界的なゲノム情報を分析しました。さらに、新jiangの近交系牛、地元のカザフの牛、ホルスタイン牛、新jiang茶色の牛の共有SNPマーカーを抽出して、各集団の近親交配の大きさを評価するために、集団の遺伝的パラメーターとゲノム近親交配指標を計算しました。また、新jiangの近交系の近親交配指標と体の大きさとの関係を評価しました。最後に、新jiang近交系牛と局所カザフの集団のホモ接合性（ROH）領域の高頻度走行が遺伝子とQTL注釈のために選択されました。これらの結果は、近親交配品種の祖先の割合がカザフの牛の祖先の割合と類似していることを示しています。新jiangの近交系牛のゲノムホモ接合性は、他の集団よりも有意に高くなっています。同類のうつ病は、対応するホモ接合性が増加すると体の大きさが減少するため、体の大きさである程度観察されます。完全に、牛の経済的特性に関連する6つの基本的なバイオパスウェイと32のQTL領域に注釈が付けられました。我々の結果は、この特別な遺伝物質 - Xinjiang Inbred Catred牛の繁殖戦略、将来の保護、および利用計画設計に関する洞察を提供します。

Xinjiang inbred cattle is a population which has been highly inbred for 45 years. However, the breed origin of this population cannot be traced back due to the lack of original records. To demonstrate the genetic background of Xinjiang inbred cattle, we analysed the worldwide genomic information of 16 cattle breeds using principal components analysis, and Admixture method. Furthermore, the shared SNP markers of Xinjiang inbred cattle, local Kazakh cattle, Holstein cattle, and Xinjiang Brown cattle were extracted to calculate population genetic parameters and genomic inbreeding indicators in order to evaluate the magnitude of inbreeding in each population. We also evaluated the relationship between inbreeding indicators and body size in the Xinjiang inbred population. Finally, the high frequency runs of homozygosity (ROH) regions for Xinjiang inbred cattle and local Kazakh population were selected for genes and QTL annotations. These results demonstrate that the ancestry proportions of inbreeding breed are similar to those of Kazakh cattle. The genomic homozygosity of Xinjiang inbred cattle is significantly higher than other populations; the inbreeding depression is observed in body size to a certain extent because body size decreased when corresponding homozygosity increased. Totally, six basic bio-pathways and 32 QTL regions that related to bovine economical traits were annotated. Our results provide the insights into breeding strategies, future protection, and utilization plan design for this special genetic material-Xinjiang inbred cattle.