ピモールを使用した3D核酸構造のDSSR対応革新的な概略

洗練された分析と簡素化された視覚化は、生体染色体の複雑な構造を理解するために重要です。DSSR（RNAの空間構造の分析）は、3D核酸構造の分析と注釈を合理化した統合計算ツールです。このプログラムは、Pymolにシームレスに統合され、その他の一般的な視覚化オプションを補完できる多様なスタイルで概略ブロック表現を作成します。個々のベースブロックを描写することに加えて、DSSRはワトソンクリックのペアを長いブロックとして描き、マイナー溝の端を強調することができます。特に、DSSRは、G-Tetradを自動的に検出し、大きな正方形ブロックとして扱うことにより、G四重鎖の描写を劇的に単純化できます。Pymolを使用したDSSR対応の革新的な回路図は、審美的に心地よく非常に有益です。ベースアイデンティティ、ペアリングジオメトリ、スタッキング相互作用、二重ヘリカルステム、G四重鎖はすぐに明らかです。これらの機能は、コマンドラインインターフェイス、Pymol用のDSSRプラグイン、Webアプリケーション、およびWebアプリケーションプログラミングインターフェイスの4つのインターフェイスを介してアクセスできます。補足PDFは、完全かつ再現可能な例を備えた実用的なガイドとして機能します。したがって、特にhttp://skmatic.x3dna.orgのWebアプリケーションを介して、初心者や時折ユーザーでさえもすぐに開始できます。

Sophisticated analysis and simplified visualization are crucial for understanding complicated structures of biomacromolecules. DSSR (Dissecting the Spatial Structure of RNA) is an integrated computational tool that has streamlined the analysis and annotation of 3D nucleic acid structures. The program creates schematic block representations in diverse styles that can be seamlessly integrated into PyMOL and complement its other popular visualization options. In addition to portraying individual base blocks, DSSR can draw Watson-Crick pairs as long blocks and highlight the minor-groove edges. Notably, DSSR can dramatically simplify the depiction of G-quadruplexes by automatically detecting G-tetrads and treating them as large square blocks. The DSSR-enabled innovative schematics with PyMOL are aesthetically pleasing and highly informative: the base identity, pairing geometry, stacking interactions, double-helical stems, and G-quadruplexes are immediately obvious. These features can be accessed via four interfaces: the command-line interface, the DSSR plugin for PyMOL, the web application, and the web application programming interface. The supplemental PDF serves as a practical guide, with complete and reproducible examples. Thus, even beginners or occasional users can get started quickly, especially via the web application at http://skmatic.x3dna.org.