パキスタンのカイバー・パクタンクワ州からのシーケンス分析によるEchinococcus canadensis（G6/G7）の最初のレポート

嚢胞性エキノカコシス（CE）は、世界的に人間および動物の健康問題を引き起こす可能性のある人獣共通の寄生性疾患です。この病気はアジアと中東で風土病であることが知られていますが、パキスタンのCEに関する疫学研究はほとんどありません。本研究の目的は、パキスタンのカイバー・パクタンクワ州（KPK）州のヒトCE症例に寄与するgranulosus sensu lato種と遺伝子型を特定することでした。ヒト起源の合計56個のホルマリン固定パラフィン埋め込み（FFPE）CE嚢胞サンプルは、2012年から2017年のKPK、Rehman Medical Institute（RMI）、Rehman Medical Institute（RMI）から収集されました。嚢胞サンプルは肝臓（26/56; 46.4％）、肺（3/56; 5.3％）、脾臓（3/56; 5.3％）、骨盤（1/56; 1.8％）、乳房（1/56から来ました。; 1.8％）、および太もも（1/56; 1.8％）。嚢胞の21の臓器の位置は記録されていません。エキノカコ症（WHO-IWGE）の超音波ベースの嚢胞診断に関する世界保健機関に形式的なワーキンググループは、26（65.4％）の肝嚢胞のうち17で利用可能でした。これらの嚢胞のうち5つ（29.4％）はCE3（移行）、9（52.9％）がCE4（非アクティブ）、3つ（17.6％）がCE5（不活性）でした。嚢胞のほとんどは、民族的にアフガニスタンのパシュトゥン人（44/56; 78.6％）であったCE患者から得られ、12.5％（7/56）はパキスタン・パシュトゥン人の患者からのものでした。患者の大多数（41/56; 73.2％）は、犬との密接な相互作用があると報告しました。12SRRNAプライマーを使用して、33の嚢胞サンプルがE. granulosus sensu stricto（S.S.）によって引き起こされていると特定されました。残りの23のサンプルについては、ミトコンドリアエンコードシトクロムCオキシダーゼ1（MT-CO1）を評価しました。PCR産物は、これら23のサンプルのうち6つから入手しました。これらの6つのサンプルのうち、1つはEchinococcus canadensis（G6/7）として識別されました。ハプロタイプ分析では、MT-CO1遺伝子の高ハプロタイプとヌクレオチドの多様性が低いことが示されました。MT-CO1シーケンスには26の多型部位があり、そのうち65.3％（17/26）は節約的な有益でした。E. canadensis mt-co1ハプロタイプネットワークは、主な中央ハプロタイプを備えた11のハプロタイプで構成されていました。結論として、E。granulosusS.S.E. canadensis（G6/7）は、パキスタンの北西部地域で循環しています。寄生虫の局所遺伝的多様性を探るためには、さらなる分子疫学研究が必要です。

Cystic echinococcosis (CE) is a zoonotic parasitic disease that can result in human and animal health problems globally. Although the disease is known to be endemic in Asia and the Middle East, there are few epidemiological studies on CE in Pakistan. The purpose of the present study was to identify the Echinococcus granulosus sensu lato species and genotypes contributing to human CE cases in the Khyber Pakhtunkhwa (KPK) province of Pakistan. A total of fifty-six formalin fixed paraffin embedded (FFPE) CE cyst samples of human origin were collected from the Pathology Department, Rehman Medical Institute (RMI), KPK for the years 2012-2017. Cyst samples came from the liver (26/56; 46.4%), lungs (3/56; 5.3%), spleen (3/56; 5.3%), pelvis (1/56; 1.8%), breast (1/56; 1.8%), and thigh (1/56; 1.8%). The organ location for 21 of the cysts was not recorded. World Health Organization-Informal Working Group on Echinococcosis (WHO-IWGE) ultrasound-based cyst staging was available for 17 of the 26 (65.4%) hepatic cysts. Five of these cysts (29.4%) were CE3 (transitional), nine (52.9%) were CE4 (inactive), and three (17.6%) were CE5 (inactive). Most of the cysts were obtained from CE patients that were ethnically Afghan Pashtuns (44/56; 78.6%), while 12.5% (7/56) were from patients that were Pakistani Pashtuns. The majority (41/56; 73.2%) of patients reported having close interactions with dogs. Using 12SrRNA primers, 33 cyst samples were identified as being caused by E. granulosus sensu stricto (s.s.). Mitochondrially encoded cytochrome C oxidase 1 (mt-CO1) was evaluated for the remaining 23 samples. PCR product was obtained from six of these 23 samples. Of these six samples, one was identified as Echinococcus canadensis (G6/7). Haplotype analysis showed high haplotype and low nucleotide diversity for the mt-CO1 gene. There were 26 polymorphic sites for the mt-CO1 sequence, of which 65.3% (17/26) were parsimony informative. The E. canadensis mt-CO1 haplotype network consisted of 11 haplotypes, with a main central haplotype. In conclusion, it appears that E. granulosus s.s. and E. canadensis (G6/7) are circulating in the northwestern region of Pakistan. Further molecular epidemiological studies are needed to explore the local genetic diversity of the parasite.