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F1000Research20200101Vol.9issue()

GFFユーティリティ:GFFREADおよびGFFCOMPARE

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, N.I.H., Extramural
  • Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
概要
Abstract

GTF(遺伝子移動形式)とGFF(一般的な機能形式)は、遺伝子や転写の位置や構造などのさまざまなゲノム機能に関する情報を表現および交換するために、バイオインフォマティクスプログラムで使用される一般的なファイル形式です。GFFREADとGFFCOMPAREは、GTFまたはGFF形式でファイルを操作するための広範かつ効率的なソリューションを提供するオープンソースプログラムです。GFFREADはゲノムの特徴を変換、ソート、フィルタリング、変換、またはクラスター化することができますが、GFFCompareを使用して、異なる遺伝子注釈を比較およびマージできます。可用性と実装:GFFユーティリティは、LinuxおよびOS XのC ++で実装され、MITライセンス(https://github.com/gpertea/gffread、https://github.com/gpertea/gffcompare)でオープンソースとしてリリースされます。

GTF(遺伝子移動形式)とGFF(一般的な機能形式)は、遺伝子や転写の位置や構造などのさまざまなゲノム機能に関する情報を表現および交換するために、バイオインフォマティクスプログラムで使用される一般的なファイル形式です。GFFREADとGFFCOMPAREは、GTFまたはGFF形式でファイルを操作するための広範かつ効率的なソリューションを提供するオープンソースプログラムです。GFFREADはゲノムの特徴を変換、ソート、フィルタリング、変換、またはクラスター化することができますが、GFFCompareを使用して、異なる遺伝子注釈を比較およびマージできます。可用性と実装:GFFユーティリティは、LinuxおよびOS XのC ++で実装され、MITライセンス(https://github.com/gpertea/gffread、https://github.com/gpertea/gffcompare)でオープンソースとしてリリースされます。

GTF (Gene Transfer Format) and GFF (General Feature Format) are popular file formats used by bioinformatics programs to represent and exchange information about various genomic features, such as gene and transcript locations and structure. GffRead and GffCompare are open source programs that provide extensive and efficient solutions to manipulate files in a GTF or GFF format. While GffRead can convert, sort, filter, transform, or cluster genomic features, GffCompare can be used to compare and merge different gene annotations. Availability and implementation: GFF utilities are implemented in C++ for Linux and OS X and released as open source under an MIT license  ( https://github.com/gpertea/gffread, https://github.com/gpertea/gffcompare).

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