G-onramp：学部主導のコラボレーションゲノム注釈を促進するためのゲノムブラウザの生成

科学者は、ゲノムの含有量を表現型の特性と関連付けることを目的として、より増加する速度で新しいゲノムをシーケンスしています。新しいゲノムが配列決定され、組み立てられた後、構造遺伝子注釈は分析の最初のステップになることがよくあります。計算遺伝子予測アルゴリズムの進歩にもかかわらず、ほとんどの真核生物ゲノムは依然として手動の遺伝子注釈の恩恵を受けています。これには、アノテーターが複数の証拠（シーケンスの類似性、RNAシーケンス[RNA-seq]の結果、遺伝子予測、繰り返し）を視覚化および評価できるようにするために、優れたゲノムブラウザへのアクセスが必要であり、多くのボランティアが作業に参加する必要があります。ゲノムブラウザの作成に対する技術的障壁に対処するために、ゲノミクス教育パートナーシップ（GEP; https://gep.wustl.edu/）がGalaxyプロジェクト（https://galaxyproject.org）と提携してG-onramp（http（http）と提携しています。：//g-onramp.org）、UCSCゲノムブラウザーアセンブリハブとJbrowseゲノムブラウザーを作成するためのWebベースのプラットフォーム。G-Onrampは、JbrowseインスタンスをApolloインスタンスに変換し、研究および教育環境における共同ゲノム注釈を作成します。生成されたゲノムブラウザは、長期アクセスのためにCyverse Data Storeに転送できます。G-Onrampにより、研究者は実験結果を簡単に視覚化し、教育者はゲノム注釈を中心としたコースベースの学部研究体験（治療）を作成し、学生はゲノミクス研究に参加することができます。その過程で、学生は遺伝子/ゲノムと、大きなデータセットを利用する方法について学びます。G-onRampの開発は、広範なユーザーフィードバックによって導かれました。40を超える機関の65人の研究者/教育者が、対面ワークショップを通じて参加しました。これは、現在研究と教育に利用できる20を超えるゲノムブラウザーを制作しました。4つの寄生虫スズメバチ種のために生成されたゲノムブラウザは、15の大学の学生を魅了する治療で使用されています。教室での私たちの評価結果は、G-onrampによって生成されたゲノムブラウザが、研究に学生を引き付けるための効果的なツールであり、ゲノミクスにおける科学文献への貢献を可能にするための効果的なツールであることを示しています。このようなゲノミクスの研究/教育パートナーシップの拡大は、研究者、教員、学生にとっても有益です。

Scientists are sequencing new genomes at an increasing rate with the goal of associating genome contents with phenotypic traits. After a new genome is sequenced and assembled, structural gene annotation is often the first step in analysis. Despite advances in computational gene prediction algorithms, most eukaryotic genomes still benefit from manual gene annotation. This requires access to good genome browsers to enable annotators to visualize and evaluate multiple lines of evidence (e.g., sequence similarity, RNA sequencing [RNA-Seq] results, gene predictions, repeats) and necessitates many volunteers to participate in the work. To address the technical barriers to creating genome browsers, the Genomics Education Partnership (GEP; https://gep.wustl.edu/) has partnered with the Galaxy Project (https://galaxyproject.org) to develop G-OnRamp (http://g-onramp.org), a web-based platform for creating UCSC Genome Browser Assembly Hubs and JBrowse genome browsers. G-OnRamp also converts a JBrowse instance into an Apollo instance for collaborative genome annotations in research and educational settings. The genome browsers produced can be transferred to the CyVerse Data Store for long-term access. G-OnRamp enables researchers to easily visualize their experimental results, educators to create Course-based Undergraduate Research Experiences (CUREs) centered on genome annotation, and students to participate in genomics research. In the process, students learn about genes/genomes and about how to utilize large datasets. Development of G-OnRamp was guided by extensive user feedback. Sixty-five researchers/educators from >40 institutions participated through in-person workshops, which produced >20 genome browsers now available for research and education. Genome browsers generated for four parasitoid wasp species have been used in a CURE engaging students at 15 colleges and universities. Our assessment results in the classroom demonstrate that the genome browsers produced by G-OnRamp are effective tools for engaging undergraduates in research and in enabling their contributions to the scientific literature in genomics. Expansion of such genomics research/education partnerships will be beneficial to researchers, faculty, and students alike.