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原発性肝臓癌の最も悪性の形態である肝細胞癌（HCC）は、世界的に癌死亡率の4番目に一般的な原因です。最近、食事の発酵繊維であるイヌリンがマウス肝臓を再プログラムして、腸内微生物叢依存的にHCCの発達を支持できることが発見されました。イヌリン誘発HCC中に発現または抑制される分子経路を決定すると、潜在的な治療標的のプラットフォームが提供されます。本研究では、新規イヌリン誘発HCCマウスモデルとヒトHCCサンプルの分析を組み合わせて、肝癌形成における差次的に発現した遺伝子（deg）を特定しました。肝臓のトランスクリプトームプロファイリングは、HCCから保護されたマウスと比較して、HCCマウスに674度があることを明らかにしました。遺伝子およびゲノム（KEGG）経路分析の京都百科事典は、イヌリン誘発HCC中のECM受容体相互作用、ステロイドホルモン生合成、PPARシグナル伝達経路、焦点癒着およびタンパク質消化および吸収の濃縮を明らかにしました。タンデム質量タグベースの定量的、多重化プロテオーム解析では、過剰発現タンパク質が細胞接着分子、バリン、ロイシン、イソロイシン分解およびECM受容体相互作用と関連する57の差次的に発現するタンパク質を描写しました。マウス遺伝子のヒトオーソログを取得した後、ヒトHCC（n = 361）および健康な肝臓（n = 50）に対応する癌ゲノムアトラス（TCGA）データベースにあるレベル3 RNA-seqデータと比較分析を行いました。サンプル。同定された549のアップレギュレートされた68のダウンレギュレートされたヒトオーソログのうち、142の遺伝子（137が過剰発現し、5つは有意に過少発現）がヒトHCCと関連していました。単変量生存分析を使用して、細胞細胞の接着と細胞分裂に関与する27の過剰発現遺伝子が、HCC患者の生存率が低いことを発見しました。全体として、遺伝的およびプロテオミクス署名は、イヌリン誘発HCCの潜在的な基礎メカニズムを強調し、このマウスHCCモデルが人間に関連することをサポートしています。
原発性肝臓癌の最も悪性の形態である肝細胞癌（HCC）は、世界的に癌死亡率の4番目に一般的な原因です。最近、食事の発酵繊維であるイヌリンがマウス肝臓を再プログラムして、腸内微生物叢依存的にHCCの発達を支持できることが発見されました。イヌリン誘発HCC中に発現または抑制される分子経路を決定すると、潜在的な治療標的のプラットフォームが提供されます。本研究では、新規イヌリン誘発HCCマウスモデルとヒトHCCサンプルの分析を組み合わせて、肝癌形成における差次的に発現した遺伝子（deg）を特定しました。肝臓のトランスクリプトームプロファイリングは、HCCから保護されたマウスと比較して、HCCマウスに674度があることを明らかにしました。遺伝子およびゲノム（KEGG）経路分析の京都百科事典は、イヌリン誘発HCC中のECM受容体相互作用、ステロイドホルモン生合成、PPARシグナル伝達経路、焦点癒着およびタンパク質消化および吸収の濃縮を明らかにしました。タンデム質量タグベースの定量的、多重化プロテオーム解析では、過剰発現タンパク質が細胞接着分子、バリン、ロイシン、イソロイシン分解およびECM受容体相互作用と関連する57の差次的に発現するタンパク質を描写しました。マウス遺伝子のヒトオーソログを取得した後、ヒトHCC（n = 361）および健康な肝臓（n = 50）に対応する癌ゲノムアトラス（TCGA）データベースにあるレベル3 RNA-seqデータと比較分析を行いました。サンプル。同定された549のアップレギュレートされた68のダウンレギュレートされたヒトオーソログのうち、142の遺伝子（137が過剰発現し、5つは有意に過少発現）がヒトHCCと関連していました。単変量生存分析を使用して、細胞細胞の接着と細胞分裂に関与する27の過剰発現遺伝子が、HCC患者の生存率が低いことを発見しました。全体として、遺伝的およびプロテオミクス署名は、イヌリン誘発HCCの潜在的な基礎メカニズムを強調し、このマウスHCCモデルが人間に関連することをサポートしています。
Hepatocellular carcinoma (HCC), the most malignant form of primary liver cancer, is the fourth most prevalent cause of cancer mortality globally. It was recently discovered that the dietary fermentable fiber, inulin, can reprogram the murine liver to favor HCC development in a gut microbiota-dependent manner. Determining the molecular pathways that are either over expressed or repressed during inulin-induced HCC would provide a platform of potential therapeutic targets. In the present study, we have combined analysis of the novel inulin-induced HCC murine model and human HCC samples to identify differentially expressed genes (DEGs) in hepatocarcinogenesis. Hepatic transcriptome profiling revealed that there were 674 DEGs in HCC mice compared to mice safeguarded from HCC. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis uncovered enrichment in ECM-receptor interaction, steroid hormone biosynthesis, PPAR signaling pathway, focal adhesion and protein digestion and absorption during inulin-induced HCC. Tandem mass tag based quantitative, multiplexed proteomic analysis delineated 57 differentially expressed proteins, where the over-expressed proteins were associated with cell adhesion molecules, valine, leucine and isoleucine degradation and ECM-receptor interaction. After obtaining the human orthologs of the mouse genes, we did a comparison analysis to level 3 RNA-seq data found in the Cancer Genome Atlas (TCGA) database, corresponding to human HCC (n = 361) and healthy liver (n = 50) samples. Out of the 549 up-regulated and 68 down-regulated human orthologs identified, 142 genes (137 significantly over-expressed and 5 significantly under-expressed) were associated with human HCC. Using univariate survival analysis, we found 27 over-expressed genes involved in cell-cell adhesion and cell division that were associated with poor HCC patient survival. Overall, the genetic and proteomics signatures highlight potential underlying mechanisms in inulin-induced HCC and support that this murine HCC model is human relevant.
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