ストレプトアビジン - セファロースマトリックスの品質の変動性は、近接依存性ビオチニル化（バイオイド）データに大きく影響する可能性があります

それらの使いやすさと高い結合親和性により、ストレプトアビジンベースの精製ツールは、複雑な混合物からビオチン化化合物を分離するために広く使用されてきました。私たちと他の人々は、ストレプトアビジン - セファロースマトリックスを使用して、バイオイドや頂点などの近接依存性のビオチン化アプローチで生成されたビオチン化ポリペプチドを分離します。しかし、一見同一のプロトコルを使用して、同じ研究所で時間の経過とともに実行されたバイオイド実験の品質の散発的な大幅な変動に注目しました。この問題の原因を特定して、ここでは、同じ製造業者からのさまざまな生産の多くのストレプトアビジンセファロースビーズに由来するストレプトアビジン汚染のかなりのばらつきを強調し、高レベルのストレプトアビジンペプチド汚染がバイオイドデータに悪影響を与える可能性があることを示しています。また、より低品質の試薬の使用を回避するために使用する前に、個々のロットのセファロースマトリックスの個々のロットからの「脱落」の程度を評価するための2つの単純で迅速なアプローチについても説明します。

Due to their ease of use and high binding affinity, streptavidin-based purification tools have become widely used for isolating biotinylated compounds from complex mixtures. We and others routinely use streptavidin-sepharose matrices to isolate biotinylated polypeptides generated in proximity-dependent biotinylation approaches, such as BioID or APEX. However, we noted sporadic, substantial variation in the quality of BioID experiments performed in the same laboratories over time, using seemingly identical protocols. Identifying the source of this problem, here, we highlight considerable variability in streptavidin contamination derived from different production lots of streptavidin-sepharose beads from the same manufacturer and demonstrate that high levels of streptavidin peptide contamination can have detrimental effects on BioID data. We also describe two simple, rapid approaches to assess the degree of streptavidin "shedding" from individual lots of the sepharose matrix before use to avoid the use of lower quality reagent.