トラフィック全体のRNAiスクリーンは、細胞内サルモネラによる早期および後期分泌宿主タンパク質と後期エンド/リソソーム小胞融合機構の展開を明らかにします

サルモネラエンテリカの細胞内ライフスタイルは、複製過激膜結合ニッチであるサルモネラを含む液胞（SCV）の形成によって特徴付けられます。宿主細胞のエンドソーム系の大規模なリモデリングのさらなる結果として、細胞内サルモネラは、さまざまなサルモネラ誘発尿細管（SIT）のユニークなネットワークを確立します。これらのシットの1つのタイプであるサルモネラ誘発フィラメント（SIF）の確立に必要なエフェクタータンパク質の細菌レパートリーは、かなり明確に定義されています。ただし、対応する宿主細胞タンパク質はまだよく理解されていません。SIFの形成に必要な宿主因子を特定するために、サブジェノムRNAiスクリーンを実行しました。この分析は、SIF誘導、ダイナミクス、形態に関する効果を獲得するための高解像度のライブセルイメージングで構成されていました。機能的RNAiスクリーンのヒットは、I）STX7、STX8、VTI1B、およびVAMP7またはVAMP8で構成される後期エンド/リソソームスネア（可溶性N-エチルメレイミド感受性因子付着タンパク質受容体）複合体で構成されます。RAB7とホモタイプの融合とタンパク質ソート（HOPS）テザリング複合体、完全な小胞融合機構。ii）初期の分泌GTPase Rab1aおよびRab1bとの新規相互作用は、タンパク質複合体I（COPI）小胞をコーティングする潜在的なリンクを提供し、最近特定された小胞体との結びつきを補強します。iii）GTPase Rab3a、Rab8a、およびRab8bおよびSnares Vamp2、Vamp3、およびVamp4を介した後期分泌経路および/またはリサイクルエンドソームへの新しい接続。iv）クラスリンでコーティングされた構造の前例のない関与。結果として生じる一連のヒットにより、まったく新しいホスト因子の相互作用を特徴付け、以前のいくつかの研究からの観察を強化することができました。

The intracellular lifestyle of Salmonella enterica is characterized by the formation of a replication-permissive membrane-bound niche, the Salmonella-containing vacuole (SCV). As a further consequence of the massive remodeling of the host cell endosomal system, intracellular Salmonella establish a unique network of various Salmonella-induced tubules (SIT). The bacterial repertoire of effector proteins required for the establishment for one type of these SIT, the Salmonella-induced filaments (SIF), is rather well-defined. However, the corresponding host cell proteins are still poorly understood. To identify host factors required for the formation of SIF, we performed a sub-genomic RNAi screen. The analyses comprised high-resolution live cell imaging to score effects on SIF induction, dynamics and morphology. The hits of our functional RNAi screen comprise: i) The late endo-/lysosomal SNARE (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein receptor) complex, consisting of STX7, STX8, VTI1B, and VAMP7 or VAMP8, which is, in conjunction with RAB7 and the homotypic fusion and protein sorting (HOPS) tethering complex, a complete vesicle fusion machinery. ii) Novel interactions with the early secretory GTPases RAB1A and RAB1B, providing a potential link to coat protein complex I (COPI) vesicles and reinforcing recently identified ties to the endoplasmic reticulum. iii) New connections to the late secretory pathway and/or the recycling endosome via the GTPases RAB3A, RAB8A, and RAB8B and the SNAREs VAMP2, VAMP3, and VAMP4. iv) An unprecedented involvement of clathrin-coated structures. The resulting set of hits allowed us to characterize completely new host factor interactions, and to strengthen observations from several previous studies.