RNA 5'-azidesの固相合成と、クリック化学による標識、ライゲーション、環化のための適用

5 '官能基を持つRNAは、分子プローブとレポーター分子として関心を集めています。銅触媒されたアジド - アルキン環状化は、そのような分子にアクセスするための最も簡単な方法の1つです。しかし、アジド基とのRNA機能化は合成課題をもたらしています。この記事では、固相におけるオリゴリボヌクレオチド5'-endのアジド官能化のためのシンプルで効率的なプロトコルについて説明します。アジド部分は、ヨウ化ナトリウムを使用したヨウ化メチルトリフェノキシフォホニウムを使用した-OHから-Iの変換、および（II）-Iから-N3の置換：（i）-OHから-I変換の2つのステップで、C5' -endに直接付着します。得られた化合物の反応性は、銅（I）触媒（CUAAC）と株が促進する（SPAAC）アジド - アルキン環化反応、2つのRNA断片の結紮、および短絡オリゴヌクレオチドの環化の環化の両方を使用した蛍光標識によって例示されます。このプロトコルは、市販の2'-O-Pivom保護モノマーを使用して、固体サポートで標準的なホスホラミダイトアプローチによって合成されるオリゴリボヌクレオチドを使用しています。このような保護戦略は、ホスホラミダイトアプローチによりRNA合成で一般的に使用されるヨウ素ジョン試薬とシリル保護グループ（TBDMS、TOM）の間の干渉を排除します。©2020 Wiley Periodicals LLC。塩基性プロトコル1：オリゴリボヌクレオチド5'-アジドの固相合成基本プロトコル2：溶液中のオリゴリボヌクレオチド5'-アジドのCuAAC標識溶液代替プロトコル1：オリゴリボヌクレオチド5'-アジドのCUAAC標識標識標識標識標識標識標識基本プロトコル3：基本プロトコルの標識標識標識標識オリゴリボヌクレオチド5'-アジド基本プロトコル4：オリゴリボヌクレオチド5'-アジドのCUAACライゲーション基本プロトコル5：オリゴリボヌクレオチド5'-アジドサポートプロトコル：HPLC精製のCUAAC環化。

RNAs with 5' functional groups have been gaining interest as molecular probes and reporter molecules. Copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition is one of the most straightforward methods to access such molecules; however, RNA functionalization with azide group has been posing a synthetic challenge. This article describes a simple and efficient protocol for azide functionalization of oligoribonucleotides 5'-end in solid-phase. An azide moiety is attached directly to the C5'-end in two steps: (i) -OH to -I conversion using methyltriphenoxyphosphonium iodide, and (ii) -I to -N3 substitution using sodium azide. The reactivity of the resulting compounds is exemplified by fluorescent labeling using both copper(I)-catalyzed (CuAAC) and strain-promoted (SPAAC) azide-alkyne cycloaddition reactions, ligation of two RNA fragments, and cyclization of short bifunctionalized oligonucleotides. The protocol makes use of oligoribonucleotides synthesized by standard phosphoramidite approach on solid support, using commercially available 2'-O-PivOM-protected monomers. Such a protection strategy eliminates the interference between the iodination reagent and silyl protecting groups (TBDMS, TOM) commonly used in RNA synthesis by phosphoramidite approach. © 2020 Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: Solid-phase synthesis of oligoribonucleotide 5'-azides Basic Protocol 2: CuAAC labeling of oligoribonucleotide 5'-azides in solution Alternate Protocol 1: CuAAC labeling of oligoribonucleotide 5'-azides on solid support Basic Protocol 3: SPAAC labeling of oligoribonucleotide 5'-azides Basic Protocol 4: CuAAC ligation of oligoribonucleotide 5'-azides Basic Protocol 5: CuAAC cyclization of oligoribonucleotide 5'-azides Support Protocol: HPLC Purification.