Covid-19パンデミックの原因となるSARS-COV-2サルベコウイルス系統の進化的起源

貯水池種の役割、組換えの役割、動物ウイルスからの発散の時期を含む、ヒトコロナウイルスSARS-COV-2の最近の出現に関する未解決の進化的問題があります。SARS-COVおよびSARS-COV-2-UNDERGO頻繁な組換えを含むサルベコウイルス（ウイルス性亜属が再結合し、中国の地域規模で空間的に構造化された遺伝的多様性を示すことがわかります。SARS-COV-2自体は、これまで検出されたサルベコウイルスの組換えではなく、ヒトACE2受容体への特異性に重要な受容体結合モチーフは、BATウイルスと共有された先祖の特性であり、最近再結合を介して獲得したものではないようです。系統発生の年代測定方法を使用するために、68ゲノムサルベコウイルスアライメントの組換え領域を3つの独立した方法で除去しました。ベイジアンの進化率と発散日付の推定値は、これら3つのアプローチと、HCOV-OC43とMERS-COVに基づく進化率の2つの異なる以前の仕様で一貫していることが示されました。SARS-COV-2とコウモリサルベコウイルス貯留層の間の分岐は、1948年（95％最高の後密度（HPD）：1879-1999）、1969（95％HPD：1930-2000）および1982（95％HPD：1948-2009）と推定され、in suls to suls to suls cov-as to surs cov-as sats untを示しています。

There are outstanding evolutionary questions on the recent emergence of human coronavirus SARS-CoV-2 including the role of reservoir species, the role of recombination and its time of divergence from animal viruses. We find that the sarbecoviruses-the viral subgenus containing SARS-CoV and SARS-CoV-2-undergo frequent recombination and exhibit spatially structured genetic diversity on a regional scale in China. SARS-CoV-2 itself is not a recombinant of any sarbecoviruses detected to date, and its receptor-binding motif, important for specificity to human ACE2 receptors, appears to be an ancestral trait shared with bat viruses and not one acquired recently via recombination. To employ phylogenetic dating methods, recombinant regions of a 68-genome sarbecovirus alignment were removed with three independent methods. Bayesian evolutionary rate and divergence date estimates were shown to be consistent for these three approaches and for two different prior specifications of evolutionary rates based on HCoV-OC43 and MERS-CoV. Divergence dates between SARS-CoV-2 and the bat sarbecovirus reservoir were estimated as 1948 (95% highest posterior density (HPD): 1879-1999), 1969 (95% HPD: 1930-2000) and 1982 (95% HPD: 1948-2009), indicating that the lineage giving rise to SARS-CoV-2 has been circulating unnoticed in bats for decades.