液体クロマトグラフィータンデム質量分析システムコンポーネントのマイクロバイオーム関連の方法とマトリックスの頑丈さテスト

最近、液体クロマトグラフィータンデム質量分析（LC-MS/MS）システムの広範な堅牢性評価を実施する機会が、大規模なヒト糞便微生物叢研究の分析計画段階で現れました。このプロジェクトの特定の目的は、カスタム成長媒体で成長し、異なる臨床的に関連する曝露に続いて、12人の健康なボランティアの糞から培養された混合細菌群集によって、胆汁酸/塩の標的セットの微生物媒介代謝を研究することでした抗生物質。この研究の大きさは、胆汁酸/塩標的メタボロミクス法で構成される手順とLC-MS/MSシステムコンポーネントを大幅に強調するまれな機会を提供しました。この2番目の特定の目的を念頭に置いて、サンプル分析計画を変更して、特定のアッセイのLCおよびMSシステムの頑丈さを評価するために規制された生体分析ラボで一般的に使用される一連のメリット（FOM）ベースのテストを含める - これらのFOMベースのテストパラメーターは、サンプル分析の過程で継続的に監視され、結果はこのレポートに示されています。合計で、評価には、8日間に発生した1206の連続注射（180のキャリブレーション標準、136の空白内部標準サンプル、および890の希釈培地サンプル）が含まれていました。8日間のノンストップサンプル分析の完了では、重要なハードウェアやソフトウェアの障害が明らかになり、FOMベースのテストの分析では、テストされたサンプル数と時間にわたってシステムパフォーマンスの観察可能な分解がないことが示されました。提示されたFOMベースのテストメトリックは、LC-MS/MSベースのターゲットメタボロミクスワークフローの堅牢性を評価するためのテンプレートとして使用できます。

Recently, an opportunity to perform a broad ruggedness assessment of our liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) system presented itself during the analytical planning phase of a large-scale human fecal microbiome study. The specific aim of this project was to study the microbial-mediated metabolism of a targeted set of bile acids/salts by mixed bacterial communities cultured from the feces of 12 healthy volunteers when grown in a custom growth medium and following exposure to different clinically-relevant antibiotics. The magnitude of this study offered a rare opportunity to significantly stress procedures and LC-MS/MS system components comprised in our bile acid/salt targeted metabolomics method. With this second specific aim in mind, we modified the sample analysis plan to include a series of figure-of-merit (FoM)-based tests that are commonly used in regulated bioanalytical labs to assess LC and MS system ruggedness for a specific assay - these FoM-based testing parameters were monitored continuously over the course of sample analysis and the results are presented in this report. In total, the assessment included 1206 sequential injections (180 calibration standards, 136 blank-internal standard samples, and 890 diluted medium samples) that took place over 8-days. Completion of the 8-days of non-stop sample analysis revealed no critical hardware or software failures, and the analysis of the FoM-based tests indicated no observable degradation of system performance over the number of samples and time tested. The FoM-based test metrics presented may be used as a template to assess the ruggedness of any LC-MS/MS-based targeted metabolomics workflow.