Intron-Exon Bordersのスプライシングエンハンサーは、Accedor Splice Sitesの認識に参加します

アクセプタースプライスサイト認識（3 'スプライスサイト：3'SS）は、前駆体メッセンジャーRNA（pre-mRNA）スプライシングの基本的なステップです。一般に、U2小核リボ核タンパク質（SNRNP）補助因子（U2AF）ヘテロダイマーは3'ssを認識します。そのうちU2AF35には二重関数があります。エンハンサー結合スプライシングアクチベーターのスプライセソームとの相互作用を媒介します。3'sS認識の代替メカニズムが提案されていますが、それでもまだ完全には理解されていません。ここでは、イントロンエキソンの境界がユビキタススプライシングレギュレーターSRSF1に縛られている3'SS認識を分析しました。2つのモデルエクソンとその変異体のミニゲン分析、Brca2エクソン12およびvars2エクソン17を使用して、エクソン包含は、推定された配列バインディングのカタログを使用して評価された3'ssの品質よりも予測されたSRSF1親和性とはるかによく相関することを示しました。RNA結合タンパク質（CISBP-RNA）データベースと最大エントロピーアルゴリズム（MAXENT）予測因子とU2AF35コンセンサスマトリックスの好み。RNA親和性精製により、SRSF1がモデル3'ssに結合することが証明されました。一方、ノックダウン実験により、U2AF35もこれらのエクソンの包含に役割を果たすことが明らかになりました。ほとんどの場合、両方の要因は3'sを確率的に結合し、エクソン認識をサポートし、より明らかにVars2エクソン17でより明らかに、スプライシング活性化因子を3'sの認識因子として特定することは、スプライシング調節と人間の遺伝子診断の基本的な理解と、バリエーションを評価する際の人間の遺伝子診断の両方にとって重要です。スプライシングへの影響。

Acceptor splice site recognition (3' splice site: 3'ss) is a fundamental step in precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing. Generally, the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) auxiliary factor (U2AF) heterodimer recognizes the 3'ss, of which U2AF35 has a dual function: (i) It binds to the intron-exon border of some 3'ss and (ii) mediates enhancer-binding splicing activators' interactions with the spliceosome. Alternative mechanisms for 3'ss recognition have been suggested, yet they are still not thoroughly understood. Here, we analyzed 3'ss recognition where the intron-exon border is bound by a ubiquitous splicing regulator SRSF1. Using the minigene analysis of two model exons and their mutants, BRCA2 exon 12 and VARS2 exon 17, we showed that the exon inclusion correlated much better with the predicted SRSF1 affinity than 3'ss quality, which were assessed using the Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences of RNA binding proteins (CISBP-RNA) database and maximum entropy algorithm (MaxEnt) predictor and the U2AF35 consensus matrix, respectively. RNA affinity purification proved SRSF1 binding to the model 3'ss. On the other hand, knockdown experiments revealed that U2AF35 also plays a role in these exons' inclusion. Most probably, both factors stochastically bind the 3'ss, supporting exon recognition, more apparently in VARS2 exon 17. Identifying splicing activators as 3'ss recognition factors is crucial for both a basic understanding of splicing regulation and human genetic diagnostics when assessing variants' effects on splicing.