澱粉、タンパク質、繊維が豊富な植物組織からの高品質のRNA抽出のための普遍的な方法

既存のプロトコルを使用して、澱粉が豊富な種子から抽出されたRNAは、多くの場合、質の低いRNAをもたらし、下流のアプリケーションには不適切になります。澱粉や他の多糖類が豊富な植物組織からRNAを抽出するためのいくつかの方法が提案されていますが、それらは常により少ない質の高い質の高いRNAを生成します。種子や根を含む他の植物組織から高収量および品質のRNAを得るために、TRIZOL KIT（Invitrogen）、Plant RNeasy Mini Kit（Qiagen）、Furtado（2014）Method、Furtado（Qiagen）、Furtado（Qiagen）などの既存の方法と比較しました。およびCTAB-LICLメソッド。RNAの沈殿に使用される抽出バッファーと溶液の修飾により、種子や根にRNAを抽出するための堅牢な方法が得られ、そこで質の高いRNAが抽出されます。修正されたSDS-LICL法は、ゲル電気泳動と、それぞれA260/A230およびA260/A280で≥2および1.8のナノドロップ分光光度計を検出したナノドロップ分光光度計を介して強いRNAバンドを明らかにしました。RNA抽出中の澱粉の共沈着が存在しないと、RIN値が7-9のRNAの収率と品質が向上し、生体分析装置を使用して定量化されました。得られた高品質のRNAは、cDNA合成、遺伝子増幅、RT-QPCRなどの下流のアプリケーションに適していることが実証されました。この方法は、畑で栽培されたソルガムやトウモロコシを含む他の穀物の種子からRNAを抽出するのにも効果的でした。修正されたSDS-LICL法は、澱粉やその他の二次代謝産物が豊富な植物組織の堅牢で非常に再現可能なRNA抽出法です。修正されたSDS-LICL法は、異なる非生物的ストレスにさらされた成熟、発達、発芽、および発芽した種子、葉、根から高収量と品質のRNAを抽出しました。

Using existing protocols, RNA extracted from seeds rich in starch often results in poor quality RNA, making it inappropriate for downstream applications. Though some methods are proposed for extracting RNA from plant tissue rich in starch and other polysaccharides, they invariably yield less and poor quality RNA. In order to obtain high yield and quality RNA from seeds and other plant tissues including roots a modified SDS-LiCl method was compared with existing methods, including TRIZOL kit (Invitrogen), Plant RNeasy mini kit (Qiagen), Furtado (2014) method, and CTAB-LiCl method. Modifications in the extraction buffer and solutions used for RNA precipitation resulted in a robust method for extracting RNA in seeds and roots, where extracting quality RNA is challenging. The modified SDS-LiCl method revealed intense RNA bands through gel electrophoresis and a nanodrop spectrophotometer detected ratios of ≥ 2 and 1.8 for A260/A230 and A260/A280, respectively. The absence of starch co-precipitation during RNA extraction resulted in enhanced yield and quality of RNA with RIN values of 7-9, quantified using a bioanalyzer. The high-quality RNA obtained was demonstrated to be suitable for downstream applications, such as cDNA synthesis, gene amplification, and RT-qPCR. The method was also effective in extracting RNA from seeds of other cereals including field-grown sorghum and corn. The modified SDS-LiCl method is a robust and highly reproducible RNA extraction method for plant tissues rich in starch and other secondary metabolites. The modified SDS-LiCl method successfully extracted high yield and quality RNA from mature, developing, and germinated seeds, leaves, and roots exposed to different abiotic stresses.