断片化酵素誘発デュアルストランドアーティファクトの特性評価と緩和

高スループットの短い読み取りシーケンスは、入力核酸の最適なサンプリングのために断片化されたDNAに依存しています。現在、いくつかのベンダーは、音響せん断と比較した場合、独自の酵素カクテルをより安価でより合理的な断片化方法として提供しています。これらの酵素が、反対側の鎖から近くのDNAの領域を含むライブラリ分子の形成を誘導することを発見しました。これらの分子に由来するシーケンス読み取りは、バリアント対立遺伝子頻度<5％に表示されるアーティファクト由来のバリアントコールにつながる可能性があります。マッピングされた読み取りからこれらのアーティファクトを削除し、下流分析に対するアーティファクト関連の効果を軽減するための断片化アーティファクト検出と排除（フェード）を提示します。アーティファクトは、主に、ターゲットの再配置や希少なバリアント発見など、シーケンス読み取りの1〜3％のアーティファクトバイアスに敏感なダウンストリーム分析に影響を与えることがわかります。

High-throughput short-read sequencing relies on fragmented DNA for optimal sampling of input nucleic acid. Several vendors now offer proprietary enzyme cocktails as a cheaper and more streamlined method of fragmentation when compared to acoustic shearing. We have discovered that these enzymes induce the formation of library molecules containing regions of nearby DNA from opposite strands. Sequencing reads derived from these molecules can lead to artifact-derived variant calls appearing at variant allele frequencies <5%. We present Fragmentation Artifact Detection and Elimination (FADE), software to remove these artifacts from mapped reads and mitigate artifact-related effects on downstream analysis. We find that the artifacts principally affect downstream analyses that are sensitive to a 1-3% artifact bias in the sequencing reads, such as targeted resequencing and rare variant discovery.